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[原创] ligplus自动显示的残基太少怎么办

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发表于 2013-12-28 22:05:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我有一蛋白和小分子复合物,想用liplus分析疏水作用。可是载入后自动显示的关键残基有5个,可是我通过能量分解及疏水接触计算发现还有两个残基很关键但是就是显示不出来。ps这两个残基我用ds显示也是有疏水作用的,但是因为ds不能做两个复合物的叠合图,所以希望能再liplus里把问题解决。

请问大家:可以自定义显示关键的残基吗?貌似手册里没有写耶
发表于 2014-1-1 06:41:19 | 显示全部楼层

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试试调整如下参数:
Edit->Runtime parameters->Non-bond contacts parameters,把maximum contact distance增大一些。
 楼主| 发表于 2014-1-2 17:45:34 | 显示全部楼层



]UZX5XRT7YQR}OY4X(TP$JX.jpg(90.06KB)
你看我的这个参数板上没有你说的这个nonbond contact parameters呀,我是按小新做的教程来的。
发表于 2014-1-2 18:27:59 | 显示全部楼层
如图
QQ图片20140102182728.jpg

 楼主| 发表于 2014-1-2 19:08:35 | 显示全部楼层
问题成功解决,十分感谢同济-墨的热心帮忙,xxffliu的回复是解决问题的关键呀哈哈。解决方法:
我说我把参数都点过了怎么还是不行呢,原来是版本的问题,之前的1.3.2是么xxffliu说的这项的Edit->Runtime parameters->Non-bond contacts parameters,但1.4.5是有这个参数的。用的时候注意:liplot启动后,先设置参数,然后在open pdb。
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