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生物分子模拟论坛建立纪念日2012年10月21日 2012-10-30
在Autodock群友的大力支持下,生物分子模拟论坛建立于2012年10月21日!
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宁子 前天 15:12
前辈,您好,想请教您一个问题,十分感谢。 我用autodock4做对接时,蛋白里有血红素,其中铁离子显示电荷为零,导致最终结果显示配体小分子未与铁离子作用,铁离子不存在。我试了几种方法都显示warning。在 AD4_parameters.dat文件中有铁的离子参数,可是在加电荷后仍显示铁离子为零。通过简单方法生产pdbqt 文件之后直接修改该文件里面的铁的电荷也不行。后来我尝试编辑了AD4_parameters.dat的文件,但run-autogrid时warring显示找不到该文件。 想请教您一下如何解决,十分感谢! ... ...
2012年9月4日 2017-8-3 23:39
您好,前辈,我最近在做分子对接,是两个蛋白之间的对接,想请教前辈,可以用AUODOCK来做么,还是只能用ZDOCK做,ZDOCK有Window版本么,期待您的回帖,谢谢您
braceupp 2017-7-27 16:26
川大-灰太狼 : 你好,你说的多个配体与一个受体对接,是指一个受体的活性空腔同时容纳多个配体分子吗?如果是这样的话,的确现在没有同时对接的软件,但可以分步对接,比如说先 ... 是的,但是分步对接会有问题,假如你做到三配体时,最佳的构型是三个配体成正三角形,继续做下一步,四配体时,最佳构型是正四面体,但是对接软件无法从正三角形到正四面体,这两个构型配体之间的夹角不一样。 ... ...
braceupp 2017-7-24 10:10
前辈你好,我是国家纳米科学中心的研究生,有几个问题希望能得到您的帮助。
1.现在有可以做一对多的分子的对接软件吗,就是多个配体与一个受体对接,或者用什么方法可以解决这个问题。
2.如果没有1中的软件,您认为主要这类软件的难点在哪里。
非常感谢,这是我的邮箱[email]wankw@nanoctr.cn[/email]。
川大-灰太狼 2017-4-19 11:07
是否是windows版本,如果是可能是autogrid的兼容性,你可以使用CMD命令进行操作,就可以避免这个问题。当然,如果是在linux下面就不会遇到这个问题。
w825936053 2017-3-22 20:44
你好,我运行autogrid的时候是一闪而过的,我想问您,这是除了什么问题
2012年9月4日 2017-3-14 20:48
您好,我在论坛上看到您的贴子,我想请求您的帮助,我用easymodeller4.0做的蛋白质同源建模,但是评分一直是六十多,我不知道该怎么才能把评分提到八十多,想请教您,谢谢,期待您的回信
xufund 2017-2-25 23:18
您好。请问您手头的pyrx0.9版本能否发给我一份吗》我的邮箱是xufund@163.com。谢谢
yahulai 2017-1-17 11:04
你好,我看到你发的http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=888&highlight=Pymol  内容很好, 但上面的下载已经不好使了,我自己下载了试用版的,可是却用不了。希望前辈有空的时候能够给发一份。谢谢![email]2670053160@qq.com[/email]
biocai 2016-9-28 11:32
我下载了Autodock-win分子对接教程,能否把配体文件ASD.pdb文件发给我,我照着学习一下,47963490@qq.com,谢谢!
xiaoxiliu1989 2016-9-27 20:53
灰太狼您好,可以分享Schrödinger的破解软件包吗?不胜感激[email]709020170@qq.com[/email]!
kellylee 2016-9-23 23:34
灰太狼你好,请问你有没有pyrx 0.9 安装包? 谢谢
冰凝草 2016-9-8 09:56
你好,我想咨询下如果是个人需要使用YASARA的同源建模板块的话,价格收费是怎样的。你们提供这方面的服务吗?我刚接触这块,主要是想寻找到后期实验能够验证的蛋白与小分子配体结合的靶点位置,但是目前利用Easymodeller做出来的结果,UALC评分都是比较低,所以想问下,YASARA是否能够提供更为准确的一键建模的结果,可行度大概有多高,是否也需要根据具体情况进行调试,谢谢!期待您的尽快答复。 ... ...
1041743697 2016-7-29 11:53
川大-灰太狼,前辈您好,感谢您能在百忙之中看到我的留言!   小弟在用autodock软件时,一直无法生成gpf文件,导致autogrid运行时总不成功,并且总有如下的提示语, Exception in Tkinter callback Traceback (most recent call last):   File "D:\360Downloads\af\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__     return self.func(*args)   File "D:\360Downloads\af\lib\site-packages\mglutil\gui\InputForm\Tk\gui.py", line 1251, in read_cb     f = open(newf ... ...
川大-灰太狼 2016-7-24 11:57
不好意思没有。
cye927 2016-7-21 10:38
你好,请问你有ModWeb的邀请码吗?能不能给我一个用一下呢,谢谢啊
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