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[其他] 如何计算二级结构随模拟时间的变化及各成分的比例

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发表于 2012-10-24 13:40:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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二级结构是蛋白的基本结构单元,很多模拟计算都会牵涉到二级结构的计算,尤其是蛋白的折叠、构象大变化等等。现在处理二级结构的软件也比较多,如amber、GMX、vmd等等,但这些软件的计算果赋予的形式不同,下面我逐个来说:

关于AMBER:
amber里面有个sestrcuture 命令,可以计算二级结构随模拟时间的变化,输出形式是文本格式和二级结构比例,想知道二级结构比例的很容易得到,但是二级结构随时间变化的图,需要自己惊醒数据处理。具体来书就是把二级结构标示符转化成数字,数字再用不同的颜色来填充,这里面可能需要做个2位矩阵的转化,很多专业绘图软件里都可以实现,也可以自己写程序来实现转换,转换后就可以做填充图,调整图例就可以得到很好看的图了~~

关于GMX:
GMX里面实现二级结构计算也比较简单,都是集成好的脚本来实现,do_dssp,GMX提供了接口。调用第三方插件(dssp)来计算,结果输出一个XPM格式的图文件,可用用XPM2PS来转化成eps文件,再用PS打开处理一下,很容易得到很好看的图,关于图中每个二级结构的占的比例,可以用文本软件打开XPM格式的图文件,按照二级结构的标示符来统计出每个二级结构所占的比例,这样就可以做出来一张表,很多文献都以图和表形式来说明一些问题~~

关于VMD:
VMD里面有个timeline的插件,可以做出来二级结构随模拟时间变化的图,具体的比例没有给出,做出来的图也不是很好看,勉强可以玩玩,这里不多说了~~呵呵~~

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发表于 2012-10-24 13:49:18 | 显示全部楼层
受教了~~~正需要
发表于 2012-10-30 11:43:46 | 显示全部楼层
非常感谢领兄的无私分享!{:soso_e179:}
发表于 2012-12-3 21:43:50 | 显示全部楼层
发现那个timeline,算帧数多的时候,总是卡死。
发表于 2012-12-24 13:44:46 | 显示全部楼层
VMD中不要用timeline,自己手动写tcl脚本,得到数据之后再画图。
发表于 2015-3-26 10:46:40 | 显示全部楼层
说的不具体
发表于 2017-5-23 17:14:13 | 显示全部楼层
请问下用amber里面有个sestrcuture 命令生成了有关二级结构含量的文件后,怎么操作得到二级结构随时间变化的图呢?
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