生物分子模拟论坛

标题: 最新Pymol永久免费使用-Win-Mac-Linux [打印本页]

作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-18 17:17
标题: 最新Pymol永久免费使用-Win-Mac-Linux
最新版Pymol2.3下载与安装
[attach]2229[/attach]
[attach]2230[/attach]
[attach]2231[/attach]
[attach]2232[/attach]





很多人现在发现Pymol新的版本已经下载不到安装版了,

还担心Pymol是商业软件不敢使用!


以下是Pymol官方网站对版权的描述。

Open-Source Philosophy


PyMOL is a commercial product, but we make most of its source code freely available under a permissive license. The open source project is maintained by Schrödinger and ultimately funded by everyone who purchases a PyMOL license.

Open source enables open science.
This was the vision of the original PyMOL author Warren L. DeLano.


从此描述来看,Pymol是一个开源项目,这是其创始人Warren Lyford DeLano先生一直坚持的。

你大可以放心的免费使用源码编译后的Pymol用于学术研究。






接下来我们将分享最新版的Pymol 2.3的安装教程,


该方法支持三大操作系统Windows、Linux、Mac,


这里我们以Windows10操作系统为例。






第一步:下载Anaconda

新手建议选择Python 3.6 Version
如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件,建议选用Python 2.7 Version,后续设置环境变量。
[attach]2210[/attach]

https://www.anaconda.com/download/


第二步:安装Anaconda

建议新手在选项页面打钩。
(熟悉环境变量设置的朋友可以不用勾选,安装完后手动设置会更好。)

[attach]2211[/attach]

安装过程需要较长时间,请耐心等待。


第三步:下载Pymol

从附件中下载最新的Pymol 2.3[attach]2218[/attach]
(cp36对应的是Python3.6amd64表示系统64位。)
如果系统是32位,请下载:[attach]2219[/attach]
(cp36对应的是Python3.6win32表示系统32位。)
如果是新的Python3.7可从以下链接下载对应的.whl安装文件:
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol


第四步:安装Pymol

首先在下载了pymolcp36win_amd64.whl的文件夹中,按住Shift键点击鼠标右键,点选“在此处打开Powershell窗口(S)”。
[attach]2212[/attach]

其次,在命令行输入“pip install pmw”。
[attach]2213[/attach]

然后在命令行输入“pip install pymolcp36win_amd64.whl”。
[attach]2214[/attach]

最后,进入Anaconda的安装目录,找到Anaconda3\Scripts文件夹,里面有pymol.exe执行文件,做一个快捷方式放桌面吧!


第五步:运行pymol显示一个例子

双击pymol.exe打开程序,可以看到最新的2.3版本正常运行了。
[attach]2215[/attach]

下面是一个例子,PDB ID:2RGU,可以看到新版的pymol在使用ray命令后,背景自动透明,且无水印!
[attach]2216[/attach]

保存为png格式,如下图。
[attach]2217[/attach]







作者: 又又    时间: 2018-9-18 20:28
真棒!
作者: 风羽向日葵    时间: 2018-9-18 21:49
win7怎么安装???
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-18 22:42
风羽向日葵 发表于 2018-9-18 21:49
win7怎么安装???

一样的过程,我只是拿win10举个例子。
作者: xql1988224    时间: 2018-9-19 08:52
果然是好东西
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-19 09:58
xql1988224 发表于 2018-9-19 08:52
果然是好东西

安装上了吗?
作者: zycz138    时间: 2018-9-19 12:09
氢原子与重原子连接的单键的棍棒模型显示得特别细,如何调成和其它键一样粗细?
作者: 范进中枪    时间: 2018-9-19 13:28
为何我点了购买没有反应?
作者: 范进中枪    时间: 2018-9-19 13:31
求问点了购买附件,然后就没有然后了怎么办
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-19 13:55
zycz138 发表于 2018-9-19 12:09
氢原子与重原子连接的单键的棍棒模型显示得特别细,如何调成和其它键一样粗细? ...

其实,这样是为了后面的氢键显示好看。如果非要改成一样,请见图。[attach]2220[/attach]

作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-19 13:56
范进中枪 发表于 2018-9-19 13:31
求问点了购买附件,然后就没有然后了怎么办

点击购买后等待一下,应该可以下载的。
作者: 范进中枪    时间: 2018-9-19 14:15
等了一中午。。。然后谷歌和IE都试过了,仍然不行,我好尴尬啊
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-19 14:27
范进中枪 发表于 2018-9-19 14:15
等了一中午。。。然后谷歌和IE都试过了,仍然不行,我好尴尬啊

给我私信吧,我发你。
作者: xufund    时间: 2018-9-19 18:28
好棒!
能说说linux和MAC怎么安装吗?谢谢
作者: PengkunBao    时间: 2018-9-19 20:29
刚刚进来的新人金币不够,哭死
作者: leeyu    时间: 2018-9-22 11:43
win7按照教程装好后,没有下方的蛋白图,而且导进.pdb无法显示,请问应该如何处理或者设置呢?
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-25 09:31
leeyu 发表于 2018-9-22 11:43
win7按照教程装好后,没有下方的蛋白图,而且导进.pdb无法显示,请问应该如何处理或者设置呢? ...

可以发个图看看吗?
作者: hnzyyfkr    时间: 2018-9-26 09:52
谢谢大神
作者: 猫的仁    时间: 2018-9-26 15:20
新手注册,购买不了 0.0!
作者: 猫的仁    时间: 2018-9-26 15:25
有没有python2.7版本的啊?我的是27,需要卸载重新安装3.6版本的么?
作者: 猫的仁    时间: 2018-9-26 23:07
网上有多个版本可以下载,地址https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol,步骤还是根据楼主的讲解进行安装的,谢谢楼主!
作者: xufund    时间: 2018-9-27 09:12
请问MAC系统按这个方法安装的话,类似于pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的文件在哪里下载?

作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-27 11:02
xufund 发表于 2018-9-27 09:12
请问MAC系统按这个方法安装的话,类似于pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的文件在哪里下载?
...

这个需要在Mac系统下把pymol的源文件用python编译好,然后生成.whl格式发布出来,可惜我没有mac系统。
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-9-27 11:04
xufund 发表于 2018-9-27 09:12
请问MAC系统按这个方法安装的话,类似于pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的文件在哪里下载?
...

当然还有一种方法,就是在mac下安装好了conda(其实就是一个python和计算库环境),然后打开conda的终端,直接编译pymol源文件,一样的。
作者: wjpsfl    时间: 2018-10-3 22:18
非常感谢
作者: /rose水水    时间: 2018-10-8 15:37
C:\Users\wangye\Desktop\aa.png 64位的电脑 安装的64位的Python3.6 为什么会出现pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.
作者: /rose水水    时间: 2018-10-8 17:31
/rose水水 发表于 2018-10-8 15:37
64位的电脑 安装的64位的Python3.6 为什么会出现pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a suppor ...

好像找到原因了,我的是Python3.7的,所以版本不支持。
作者: shabeir    时间: 2018-11-16 15:49
我在win7上装好后,打开的界面是附件中的这样,图形窗口是没有显示的。怎么回事呢?

作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-11-17 14:30
shabeir 发表于 2018-11-16 15:49
我在win7上装好后,打开的界面是附件中的这样,图形窗口是没有显示的。怎么回事呢?
...

[attach]2250[/attach]
看样子可能是你的显卡驱动问题,OpenGL开启错误。或许重新安装一下不同的驱动或者最新的驱动可以解决问题。

作者: shabeir    时间: 2018-11-17 16:43
川大-灰太狼 发表于 2018-11-17 14:30
看样子可能是你的显卡驱动问题,OpenGL开启错误。或许重新安装一下不同的驱动或者最新的驱动可以解决问 ...

我的驱动已经是最新版的了,之前旧版本的Pymol是没有问题的
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-11-19 11:39
HPLC 发表于 2018-11-18 11:16
pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.pymol-2.3.0a0-cp36- ...

1、你的系统是64位的吗?2、你安装的是python2.7的anaconda是64位的吗?
作者: PengkunBao    时间: 2018-11-22 15:10
我安装成功之后操作使用一切正常,但是今天突然间显示区域变暗了,基本什么都看不到了,请问是什么原因?需要怎样解决?
作者: PengkunBao    时间: 2018-11-22 16:02
我安装成功之后操作使用一切正常,但是今天突然间显示区域变暗了,基本什么都看不到了,请问是什么原因?需要怎样解决?
作者: 川大-灰太狼    时间: 2018-11-22 16:41
PengkunBao 发表于 2018-11-22 16:02
我安装成功之后操作使用一切正常,但是今天突然间显示区域变暗了,基本什么都看不到了,请问是什么原因?需 ...

看一下 setting里面的参数,恢复默认参数设置试试。
作者: PengkunBao    时间: 2018-11-22 21:07
川大-灰太狼 发表于 2018-11-22 16:41
看一下 setting里面的参数,恢复默认参数设置试试。

重新安装了一遍还是这样子,但是应该和电脑系统没有关系
作者: wndmy    时间: 2018-12-1 13:37
本帖最后由 wndmy 于 2018-12-1 13:44 编辑
PengkunBao 发表于 2018-11-22 21:07
重新安装了一遍还是这样子,但是应该和电脑系统没有关系

setting>rendering>OpenGl 2.0 shaders>关闭,就显示出来了
作者: wndmy    时间: 2018-12-1 13:42
HPLC 发表于 2018-11-18 11:16
pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.pymol-2.3.0a0-cp36- ...

cp36表示是python3.6平台使用的wheel,去 猫的仁 用户提供的网站https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol,下载cp27的wheel安装
作者: wndmy    时间: 2018-12-1 13:43
/rose水水 发表于 2018-10-8 17:31
好像找到原因了,我的是Python3.7的,所以版本不支持。

去 猫的仁 用户提供的网站https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol,找到字符中带cp37的whl文件进行安装即可
作者: wndmy    时间: 2018-12-1 13:54
非常非常非常感谢 灰太狼 和 猫的仁 提供的强大资源,翻了几个坑,安装上了。给后来人员几个tips:
1. 安装anaconda后,你装的是pythonX的anaconda,你就去 猫的仁 提供的网站找 cpX的whl去下载,然后按照 灰太狼的 步骤去安装
2. 在存在whl的 文件夹 文件夹 文件夹 上shift+右键,不是直接在whl上右键
3. 如果显示有问题,如结构变暗,去set里面找rendering的几个选项一个一个点点试试,总有一个管用。一般是OpenGL的shade造成的。
作者: shiyu52524    时间: 2019-1-23 16:38
在最后生成Quicktime视频的时候,报错
Encoder 'ffmpeg' is not installed
但是我已经用pip安装了ffmpeg
请问这个怎么办
作者: 川大-灰太狼    时间: 2019-1-24 10:34
shiyu52524 发表于 2019-1-23 16:38
在最后生成Quicktime视频的时候,报错
Encoder 'ffmpeg' is not installed
但是我已经用pip安装了ffmpeg

你的是linux系统吗?可能是系统的环境变量没有设置好,可以设置一下ffmpeg到环境变量中。
作者: shiyu52524    时间: 2019-1-24 16:17
川大-灰太狼 发表于 2019-1-24 10:34
你的是linux系统吗?可能是系统的环境变量没有设置好,可以设置一下ffmpeg到环境变量中。 ...

windows系统!已经按照你的办法解决了!!!需要安装FFMPEG并添加进环境变量
作者: 川大-灰太狼    时间: 2019-1-26 12:25
shiyu52524 发表于 2019-1-24 16:17
windows系统!已经按照你的办法解决了!!!需要安装FFMPEG并添加进环境变量 ...

厉害。
作者: 毛宇姝    时间: 2019-2-13 21:22
m18204540241@163.com
没积分啊,好可怜哪位大侠给个64位的,谢谢!!
感激不尽的
作者: aptx5426    时间: 2019-2-25 21:07
感谢楼主分享 终于是找到组织了
作者: 川大-灰太狼    时间: 2019-2-26 10:16
aptx5426 发表于 2019-2-25 21:07
感谢楼主分享 终于是找到组织了

欢迎加入BioMS
作者: 上善若水    时间: 2019-2-26 19:33
楼主,我下载了Anaconda Windows 的64位版本 现在是3.7了,下载安装了以后又下载了楼主提供的whl文件64位的,我是win7系统,但是到了命令行安装的时候就出现问题了
,首先我在下载文件夹shift+右击打开了命令行,但是命令pip install pmw的时候提示pip不是一个有效命令,我就打开了软件里面的命令行,pmw的倒是跟楼主步骤的一样了,但是安装whl的时候一直提示is not a valid wheel filename
是哪里出问题了。。。
作者: 上善若水    时间: 2019-2-26 19:38
奥对了,我的在右击的时候没有出现powershell  只出现了命令行,这一样么
作者: 上善若水    时间: 2019-2-26 19:44
我又重新安装了一遍,重新下载了楼主的pymol,出现了这个提示
作者: 上善若水    时间: 2019-2-26 20:49
终于搞定了,大家千万不要下载3.7版本的,会导致因为版本不同无法安装的情况。并且如果提示pip不是命令的时候,去改环境变量也不行不知道什么原因导致的。可以通过安装过的软件里面的命令行进入执行pip install的命令。如果你下载的whl放在了e盘
就先转到e盘输入安装命令就好了  直接输入e:

作者: 川大-灰太狼    时间: 2019-2-26 21:34
上善若水 发表于 2019-2-26 20:49
终于搞定了,大家千万不要下载3.7版本的,会导致因为版本不同无法安装的情况。并且如果提示pip不是命令的时 ...


作者: Ricky123    时间: 2019-3-6 22:13
点数不够,谁能给我发一份吗?十分感谢,qq:550600464
作者: tk525687591    时间: 2019-3-7 12:43
xxfxx谢谢分享
作者: Ricky123    时间: 2019-3-9 01:12
你好,怎么购买不了啊?谢谢
作者: Dr.JING敬博    时间: 2019-3-27 21:57
现在网站上只有Python 3.7 Version可以用,建议楼主提供下载Python 3.6 Version下载
作者: 川大-灰太狼    时间: 2019-3-28 14:53
Dr.JING敬博 发表于 2019-3-27 21:57
现在网站上只有Python 3.7 Version可以用,建议楼主提供下载Python 3.6 Version下载

如果是新的Python3.7可从以下链接下载对应的.whl安装文件:
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol
作者: Dr.JING敬博    时间: 2019-4-3 09:30
猫的仁 用户提供的网站https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol已经关闭,下载不了cp37的whl文件pymol进行安装,哪位网友可以提供下载,非常感谢!!!!
作者: lv88888    时间: 2019-4-4 10:20
范进中枪 发表于 2018-9-19 13:31
求问点了购买附件,然后就没有然后了怎么办

点完后,再点一遍链接就可以了
作者: Dr.JING敬博    时间: 2019-4-9 22:50
搞定了,谢谢!
作者: 一卷书    时间: 2019-4-10 22:12
MAc os 没办法装,有其他方法吗
作者: 在家泼墨丶    时间: 2019-4-26 16:41
shift+右键 输入 pip install pwm之后出现这样的问题 这个问题有木有大佬给解决一下 谢谢

作者: xiongdianguang    时间: 2019-4-30 09:28
新手求指导,为什么安装不了?帮帮忙,谢谢
作者: /rose水水    时间: 2019-5-24 12:46
wndmy 发表于 2018-12-1 13:43
去 猫的仁 用户提供的网站https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol,找到字符中带cp37的whl文 ...

好用了,感谢!
作者: myselfrae    时间: 2019-6-3 14:33
现在不能下载了吗。。。
作者: myselfrae    时间: 2019-6-4 11:08
可以下载了~~~原来是浏览器的问题
作者: 命由我    时间: 2019-6-12 15:48
为什么购买不了啊?
作者: 命由我    时间: 2019-6-13 09:53
ERROR: pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.
作者: 命由我    时间: 2019-6-13 09:57
ERROR: pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform. 大神,请问出现这个是什么原因啊?
作者: luanypqdu    时间: 2019-6-19 19:09
本帖最后由 luanypqdu 于 2019-6-19 19:35 编辑

安装成功后 为什么点击plugin manager一直报错C:\Users\luanq\Desktop\微信截图_20190619190308
作者: luanypqdu    时间: 2019-6-19 19:37
C:/Users/luanq/Desktop/微信截图_20190619190308.png
作者: yujiayin    时间: 2019-6-20 22:02
wndmy 发表于 2018-12-1 13:43
去 猫的仁 用户提供的网站https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol,找到字符中带cp37的whl文 ...

你好,请教一个问题,这个网站里面好多字符中带cp37的whl文件,是任意一个都可以吗?还是某一个前缀?谢谢。
作者: 小松    时间: 2019-6-29 15:51
输入pip install pmw时显示无法将“pip”项识别为cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写,如果包括路径,请确保路径正确。可我明明和你这边是一样的路径、拼写,麻烦你有时间指导一下
作者: shark41    时间: 2019-7-6 09:16
太棒了~感谢楼主~不知有没有Linux版的教程~谢谢~
作者: 镜湖    时间: 2019-7-15 19:06
很详细的安装步骤,3.7的安装成功,感谢川大-灰太狼
作者: whjoseph    时间: 2019-7-20 17:23
wndmy 发表于 2018-12-1 13:54
非常非常非常感谢 灰太狼 和 猫的仁 提供的强大资源,翻了几个坑,安装上了。给后来人员几个tips:
1. 安装 ...

为什么我shirf+右键后,输入pip install pmw显示  无法将“pip”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写,如果包括路径?我下的是3.7的
作者: SJM_g3KUP    时间: 2019-7-26 15:00
真的非常棒,按照教程和评论区注意事项安装后,完美使用
作者: 七七七_hph69    时间: 2019-7-30 19:48
whjoseph 发表于 2019-7-20 17:23
为什么我shirf+右键后,输入pip install pmw显示  无法将“pip”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运 ...

我也是这种情况,你解决了吗?
作者: whjoseph    时间: 2019-8-1 08:38
没有呀,不知道怎么解决
作者: BGIlx    时间: 2019-8-9 09:53
太厉害了,成功安装,为大佬点赞
作者: wx_jNncPxPz    时间: 2019-8-11 16:27
支持,谢谢作者!
作者: zero阿姨    时间: 2019-8-18 19:43
上善若水 发表于 2019-2-26 20:49
终于搞定了,大家千万不要下载3.7版本的,会导致因为版本不同无法安装的情况。并且如果提示pip不是命令的时 ...

你好,请问你的Python是哪个版本的呢
作者: liushukai    时间: 2019-8-28 14:10
可以问一下在win下如何从源文件开始编译吗?
作者: hope_v8Rig    时间: 2019-8-29 10:02
非常感谢灰太狼 和 猫的仁 提供的强大资源,以及wndmy的防坑tips,成功安装后我也给后来的人几个tips:
1.命令行输入“pip install .\pymol‑cp36‑win_amd64.whl”需调整为你实际所下载的whl文件名
2.命令行输入命令后的结果可能不尽相同,只要没提示错误,可以放心执行下一步

作者: carbene    时间: 2019-9-26 17:55
新手小白,能问问mac os x 怎么下载安装吗?第三步就开始迷茫了
作者: ANAN    时间: 2019-10-23 10:14
非常感谢作者,安装成功了。
就是python,anaconda和pymol的版本要一致。
作者: wuniuniu    时间: 2019-11-17 19:56
太好了,非常感谢分享!
作者: wuniuniu    时间: 2019-11-17 20:24
我下载好了pymol-2.3.0.....whl文件,但是在win7系统里打开powershell里识别不了pip,不知道是怎么回事

作者: masterbug    时间: 2019-12-4 13:28
装好了,好东西
作者: Robust    时间: 2019-12-10 16:29
很有用  对一个学分子的研究生说
作者: wx_k1w1kQ50    时间: 2019-12-11 17:36
pymol需要自己安装吗,第三步完成后(下载不到10M的文件),然后第四步就不行了,按提示做,在命令行输入“pip install pmw”后显示错误,,,是不是要把这个下载的文件放在特定的位置。求解答。谢谢~~~
作者: wx_k1w1kQ50    时间: 2019-12-11 17:41
还有从头到尾都不用去下载和安装pymol吗,,,所有的文件要放在一起还是随便放在哪个盘都可以,,,,求解答
作者: wx_eMVovE6J    时间: 2019-12-14 13:31
安装不上阿,要把猫的仁发的网址里的所有whl都下来吗?
作者: 菊子    时间: 2019-12-16 11:18
C:\Users\Dell\Desktop\微信图片_20191216111713.png[/img]
你好,我在第四步的时候出现这样的问题怎么办?
作者: PaiPaiPai    时间: 2020-1-6 22:11
请问有人用这种方法安装pymol后,再安装autodock和mgltools,然后打开运行就自动跳出来很多界面,就是运行不成功吗?
作者: 余继刚    时间: 2020-1-8 18:23
在第四步安装python软件时,Windows PowerShell里面输入pip install pmw, 怎么显示“ pip:无法将‘pip'识别为函数 cmdlet 脚本文件等”  , 有知道的帮忙解释下. 谢谢
作者: 余继刚    时间: 2020-1-8 18:26
在第四步安装python软件时,Windows PowerShell里面输入pip install pmw, 怎么显示“ pip:无法将‘pip'识别为函数 cmdlet 脚本文件等”  , 有知道的帮忙解释下. 谢谢
作者: 余继刚    时间: 2020-1-8 21:35
搞好了,一个时安装时有个勾没有选,之后重新安装后,2.3的版本不兼容用不了,下载的2.4版本的在powershell脚本中才可以用,谢谢
作者: JewenQI    时间: 2020-1-27 15:20
同问,点了购买附件,然后就没有然后了怎么办
作者: Orion_Yang    时间: 2020-2-8 00:05
感谢分享

作者: 姜鹤    时间: 2020-2-17 15:57
ERROR: pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.
我的是python3.6.5的,请问这是什么原因




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