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很多人现在发现Pymol新的版本已经下载不到安装版了,
还担心Pymol是商业软件不敢使用!
以下是Pymol官方网站对版权的描述。
Open-Source Philosophy
PyMOL is a commercial product, but we make most of its source code freely available under a permissive license. The open source project is maintained by Schrödinger and ultimately funded by everyone who purchases a PyMOL license.
Open source enables open science.
This was the vision of the original PyMOL author Warren L. DeLano.
从此描述来看,Pymol是一个开源项目,这是其创始人Warren Lyford DeLano先生一直坚持的。
你大可以放心的免费使用源码编译后的Pymol用于学术研究。
接下来我们将分享最新版的Pymol 2.3的安装教程,
该方法支持三大操作系统Windows、Linux、Mac,
这里我们以Windows10操作系统为例。
第一步:下载Anaconda
新手建议选择Python 3.6 Version 如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件,建议选用Python 2.7 Version,后续设置环境变量。
第二步:安装Anaconda
建议新手在选项页面打钩。 (熟悉环境变量设置的朋友可以不用勾选,安装完后手动设置会更好。)
安装过程需要较长时间,请耐心等待。
第三步:下载Pymol
(cp36对应的是Python3.6,amd64表示系统64位。) (cp36对应的是Python3.6,win32表示系统32位。)
如果是新的Python3.7可从以下链接下载对应的.whl安装文件:
第四步:安装Pymol
首先在下载了pymol‑cp36‑win_amd64.whl的文件夹中,按住Shift键点击鼠标右键,点选“在此处打开Powershell窗口(S)”。
其次,在命令行输入“pip install pmw”。
然后在命令行输入“pip install pymol‑cp36‑win_amd64.whl”。
最后,进入Anaconda的安装目录,找到Anaconda3\Scripts文件夹,里面有pymol.exe执行文件,做一个快捷方式放桌面吧!
第五步:运行pymol显示一个例子
双击pymol.exe打开程序,可以看到最新的2.3版本正常运行了。
下面是一个例子,PDB ID:2RGU,可以看到新版的pymol在使用ray命令后,背景自动透明,且无水印!
保存为png格式,如下图。
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