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单个氨基酸突变造成酶活力提高,怎样从结构上分析原因啊

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发表于 2016-4-27 12:14:54 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好,我最近做了易错PCR,随机突变了我的酶,筛出一个酶活提高的突变体,只是单个氨基酸突变了,该蛋白在pdb数据库比对有发现有99%相似的蛋白序列(已经获得晶体结构),基于现有条件,我可以从哪方面着手去分析结构变化对酶活提高的影响呢,求大神指点迷津啊
 楼主| 发表于 2016-4-27 18:30:01 | 显示全部楼层
自己顶一下
 楼主| 发表于 2016-4-27 18:31:36 | 显示全部楼层
就是想问一下各位大神具体思路怎么走,需要哪些软件,求大神带路啊!
发表于 2016-4-29 09:39:34 | 显示全部楼层
可以用一些软件去做单个氨基酸的突变(pymol,yasara,vmd,chimera选其一),然后进行分子动力学研究(amber,yasara,gromacs,NAMD),看看突变后的蛋白对于催化位点的底物的影响。
 楼主| 发表于 2016-4-29 13:40:15 | 显示全部楼层
viger87 发表于 2016-4-28 09:10
1.同源模建得到酶结构,对比突变前后酶结构,分析其活性位点结构变化对活性的影响;
2.分子对接底物到突变 ...

非常感谢您!
 楼主| 发表于 2016-4-29 13:40:55 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-29 09:39
可以用一些软件去做单个氨基酸的突变(pymol,yasara,vmd,chimera选其一),然后进行分子动力学研究(amb ...

也非常感谢您的帮助!
 楼主| 发表于 2016-5-3 10:09:09 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-29 09:39
可以用一些软件去做单个氨基酸的突变(pymol,yasara,vmd,chimera选其一),然后进行分子动力学研究(amb ...

您好,斑竹,想向您请教一下,用pymol做氨基酸突变后怎样保存成pdb格式呀,还有easymodeller建了个半成品的模,关掉软件后,第二天怎样才能用easymodeller打开已经建好的半成品继续优化建模!恳请您的帮助,谢谢!
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