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[AutoDock&Vina] 分子对接求助

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发表于 2015-10-14 19:26:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位,本人筛选到一种药物代谢的P450酶,希望通过分子对接解释P450亚型对药物底物降解的特异性,但我现有的autodock软件做对接时需要删除杂原子,而P450酶的活性中心是卟啉铁,因此不能做。请问是否有能够保留杂原子(金属原子)的对接软件?跪求,万分感谢!
发表于 2015-10-15 09:12:58 | 显示全部楼层
Ledock, GOLD
发表于 2016-1-1 19:04:57 | 显示全部楼层
您好,我刚开始学autodock,我想问问在活性位点附近做autodock的话:在设置gridbox时,需要把配体和活性中心都包含进去吗?还是只是把活性中心包含进去?
发表于 2016-3-17 11:30:58 | 显示全部楼层
viger87 发表于 2015-10-16 11:33
首先,卟啉铁部分不是杂原子,是p450的一部分,而且是活性中心,所以不需要删除。
其次,autodock是可以做 ...

您好!我是对接菜鸟一枚,我想请问下怎么可以把配体放进已知的结合位点中?
发表于 2017-4-5 10:35:51 | 显示全部楼层
viger87 发表于 2016-4-6 12:26
autodock对接前要设置对接的盒子啊,这个盒子包含你的活性位点就可以了。

你好,可以讲解一下么?在设置盒子的时候是导入进去蛋白和配体都导进去是么?然后包盒子是全包蛋白和配体?为什么你说的只包活性中心就行呢?
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