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[AMBER] 带金属Ni2+离子的酶如何跑动力学

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发表于 2014-11-6 21:05:28 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位大家好,我最近要做一个带Ni2+的脲酶的动力学实验,可是之前没做过金属离子这方面的东西,之前在咱们论坛上搜到过一些这方面的内容,也照着做了,发现主要是Ni2+的top文件很难确定,Ca2+,Mg2+,Zn2+还好,有前辈在论坛上发表过,然后我也能够实现,可就是Ni2+比较难搞,也不知道怎么生成top文件。之前看文献说是把Ni2+当成nonbond模型,q=+2e,  r=0.117nm,就只有这两个参数,然后怎么做的我就不知道了。不知道各位前辈有知道的么?也试着用MCPB的方法做,不过一些参数实在是很难知道是什么含义,而且比较费时间。拜托各位前辈了,我用的软件是amber,万分感谢
 楼主| 发表于 2014-11-7 09:05:53 | 显示全部楼层
自己顶一下
发表于 2014-11-7 23:02:06 | 显示全部楼层
我以前也用AMBER,但还没有遇到过Ni这样的原子,我现在在用YASARA,它是款自动识别蛋白(蛋白含金属离子)和配体的综合分子动力学软件。
 楼主| 发表于 2014-11-9 16:55:10 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-11-7 23:02
我以前也用AMBER,但还没有遇到过Ni这样的原子,我现在在用YASARA,它是款自动识别蛋白(蛋白含金属离子) ...

恩呢,主要是我们实验室探究脲酶,然后脲酶就是含有镍离子,你说的那个软件我还真没听过,我查一下,现在我正在学另一种方法看看能不能解决,金属离子处理起来确实麻烦,多谢前辈了哈,嘻嘻我金币不多,就先欠着哈
发表于 2014-11-9 19:09:15 | 显示全部楼层
呵呵,没事把金币自己留着:)有用的地方 哈哈
发表于 2015-9-7 12:25:54 | 显示全部楼层
你好,我也在做金属酶的模拟,请问你怎么处理金属离子的问题,谢谢,能分享下你的经验吗
发表于 2017-4-19 12:49:52 | 显示全部楼层
带金属Ca2+离子的酶如何跑动力学
发表于 2017-10-27 20:08:34 | 显示全部楼层
请问带Ca2+或者Zn2+的体系如何跑模拟呢?那里可以找到相关金属离子所需要的frcmod以及prepi的文件?现在似乎找不到了?谢谢!
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