ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）

墨竹晓风

网站介绍：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/

Automatically generates schematic diagrams of protein-ligandinteractions for a given PDB file. (Click on the example on the left).
The interactions shown are those mediated by hydrogen bonds and byhydrophobic contacts.Hydrogen bonds are indicated by dashed linesbetween the atoms involved, while hydrophobic contacts are representedby an arc with spokes radiating towards the ligand atoms theycontact. The contacted atoms are shown with spokes radiating back.

LigPlot+ is a graphical front-end to theLIGPLOT and DIMPLOT programs. The plots generated bythese programs can be interactively edited on screen, superposedand printed

系统环境：Windows 7 ， ubuntu
软件平台环境：Java SE Runtime Environment (JRE)

效果示例



免费软件，但是需要申请的

其中，the het group文件较大，上传到网盘。更新日期：2016年5月：https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX （提取码：1605）

墨竹晓风

天理-小新 发表于 2012-11-2 18:52

                               
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给个单独的linux版本吧，谢谢

嗯，如狼哥说的，同样的文件夹，放在Linux下也能用。只要安装了JAVA平台就行。记得改程序路径即可

墨竹晓风

浙医-中药筛选 发表于 2012-11-4 17:29

                               
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To 墨竹晓风.  现有一PDB文件，里面有对接的配体（自己对接上去的），这在DSV3.5下可以看到的。 但是在ligp ...

检查PDB文件，首先受体和配体用TER隔开，其次配体的名称不能与残基名称相同

墨竹晓风

liuxch5 发表于 2012-11-21 23:49

                               
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liscence要教育网邮箱,可不可以上传一份共享呢

呵呵，群共享里面有的

墨竹晓风

冰晶石 发表于 2013-3-25 23:26

                               
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我把tmp文件路径设置为C:\cygwin\tmp，终于成功了，哎，折腾了我很长时间，希望下一个人不再那么纠结了 ...

哦，用cygwin跑的啊？直接Windows版的也不错，呵呵，能用就好

墨竹晓风

tanxijuan 发表于 2013-4-14 21:39

                               
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已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议 ...

嗯，有时候会有这种问题，因为好像是计算H键的规则有点不同

墨竹晓风

tanxijuan 发表于 2013-4-16 08:20

                               
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越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建 ...

估计是原子style的问题。你用的是什么对接软件？对接之后是怎么处理的？

墨竹晓风

qian430 发表于 2013-12-26 17:05

                               
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墨，我把pdb导入ligplus后，自动就给出一些关键残基，但是和我能量分解得到的关键残基不一样，少了几个。怎 ...

这个我也没有试过呢，等我研究下哈

墨竹晓风

暗地纯白 发表于 2014-2-25 11:03

                               
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是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后 ...

把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

墨竹晓风

暗地纯白 发表于 2014-2-26 10:30

                               
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谢谢，问题已经解决，太感谢了

是用什么方案解决的呢？