ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）

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浙医-中药筛选 发表于 2012-11-4 17:29

                               
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To 墨竹晓风.  现有一PDB文件，里面有对接的配体（自己对接上去的），这在DSV3.5下可以看到的。 但是在ligp ...

把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！

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暗地纯白 发表于 2014-2-24 10:36

                               
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我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再输出PDB试试

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暗地纯白 发表于 2014-2-24 15:35

                               
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我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...

对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

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暗地纯白 发表于 2014-2-25 10:30

                               
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我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、 ...

当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫ligplot,还有个叫dimplot