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[Ligplot] ligplus的安装与使用(显示配体-受体2维相互作用图)

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发表于 2012-11-1 15:43:20 | 显示全部楼层 |阅读模式

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网站介绍:http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/

Automatically generates schematic diagrams of protein-ligandinteractions for a given PDB file. (Click on the example on the left).
The interactions shown are those mediated by hydrogen bonds and byhydrophobic contacts.Hydrogen bonds are indicated by dashed linesbetween the atoms involved, while hydrophobic contacts are representedby an arc with spokes radiating towards the ligand atoms theycontact. The contacted atoms are shown with spokes radiating back.

LigPlot+ is a graphical front-end to theLIGPLOT and DIMPLOT programs. The plots generated bythese programs can be interactively edited on screen, superposedand printed

系统环境:Windows 7 , ubuntu
软件平台环境:Java SE Runtime Environment (JRE)

效果示例



免费软件,但是需要申请的

其中,the het group文件较大,上传到网盘。更新日期:2016年5月:https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX (提取码:1605)
5.jpg

2012-11-01-墨竹晓风-ligplus的安装与使用.pdf

503.5 KB, 下载次数: 982

售价: 2 金币  [记录]

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  发表于 2013-1-7 12:29

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发表于 2015-11-7 13:18:33 | 显示全部楼层
按照附件中操作,安装后修改路径,我也遇到unable to create log file in tempory directory这个问题。尝试了大家说的各种路径,都不行。最后恢复到默认的C:/tmp,其他也都是默认,不是楼主附件中贴图中那么修改。之后,软件才能用。希望下一个遇到问题的人能看到这个解决办法。
另外,autodock对接结果,我是将蛋白配体复合物保存到一起了,保存为pdbqt。。也ligplot也出结果了。
 楼主| 发表于 2014-12-25 13:18:23 | 显示全部楼层
ydianlove 发表于 2014-12-9 10:35
晓风兄,我安装了ligplus,但是没有下载 the het group文件(你给的这个ftp的链接打不开呢)就把pdb文件输 ...

你好,the het group文件我上传到网盘了。你可以下载看看。没有这个文件的话,结果是不正确的。更新日期:2016年5月:https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX (提取码:1605)
发表于 2020-4-19 11:35:44 | 显示全部楼层
谢谢楼主分享
发表于 2016-7-19 22:01:55 | 显示全部楼层
请问大神,怎么把结果保存为图片格式?
发表于 2016-5-12 17:31:08 | 显示全部楼层
谁有license没过期的安装包啊
发表于 2016-5-12 17:28:48 | 显示全部楼层
谁有license没过期的安装包啊 求一份 谢谢
发表于 2016-5-5 11:04:42 | 显示全部楼层
暗地纯白 发表于 2014-3-1 00:46
如你所言,添加链

你好,我做的也是蛋白-蛋白对接的pdb,和你出现了一样的问题。请问你是怎样解决的呢,我改成了A,H的名字也还是不可以啊
发表于 2016-4-16 19:06:37 | 显示全部楼层
好东西,找了好久才找到这样的软件,看来还要多学习啊,嘿嘿
发表于 2016-3-9 12:40:34 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2016-3-8 09:56
在链接处,不要点击打开,右键点击另存为

谢谢,我确实没想到还可以这样
 楼主| 发表于 2016-3-8 09:57:35 | 显示全部楼层
tjpugu 发表于 2016-3-3 17:07
安装步骤都是严格遵循着这个方法,可是一直在截图的这个页面卡着,不知道是为什么? ...

这个是软件的启动页面,File里面open蛋白即可。
 楼主| 发表于 2016-3-8 09:56:41 | 显示全部楼层
tjpugu 发表于 2016-1-5 12:49
您好,请问 the het group您是怎么下载下来的?我打开官网上的链接,就出现了一篇编码啊 ...

在链接处,不要点击打开,右键点击另存为
发表于 2016-3-7 14:52:39 | 显示全部楼层
感谢分享,这种教程很好啊!受教了
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