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[原创] ligplus的安装与使用(显示配体-受体2维相互作用图)

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发表于 2012-11-1 15:43:20 | 显示全部楼层 |阅读模式

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网站介绍:http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/

Automatically generates schematic diagrams of protein-ligandinteractions for a given PDB file. (Click on the example on the left).
The interactions shown are those mediated by hydrogen bonds and byhydrophobic contacts.Hydrogen bonds are indicated by dashed linesbetween the atoms involved, while hydrophobic contacts are representedby an arc with spokes radiating towards the ligand atoms theycontact. The contacted atoms are shown with spokes radiating back.

LigPlot+ is a graphical front-end to theLIGPLOT and DIMPLOT programs. The plots generated bythese programs can be interactively edited on screen, superposedand printed

系统环境:Windows 7 , ubuntu
软件平台环境:Java SE Runtime Environment (JRE)

效果示例



免费软件,但是需要申请的

其中,the het group文件较大,上传到网盘。更新日期:2016年5月:https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX (提取码:1605)
5.jpg

2012-11-01-墨竹晓风-ligplus的安装与使用.pdf

503.5 KB, 下载次数: 501

售价: 2 金币  [记录]

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  发表于 2013-1-7 12:29

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发表于 2015-11-7 13:18:33 | 显示全部楼层
按照附件中操作,安装后修改路径,我也遇到unable to create log file in tempory directory这个问题。尝试了大家说的各种路径,都不行。最后恢复到默认的C:/tmp,其他也都是默认,不是楼主附件中贴图中那么修改。之后,软件才能用。希望下一个遇到问题的人能看到这个解决办法。
另外,autodock对接结果,我是将蛋白配体复合物保存到一起了,保存为pdbqt。。也ligplot也出结果了。
 楼主| 发表于 2014-12-25 13:18:23 | 显示全部楼层
ydianlove 发表于 2014-12-9 10:35
晓风兄,我安装了ligplus,但是没有下载 the het group文件(你给的这个ftp的链接打不开呢)就把pdb文件输 ...

你好,the het group文件我上传到网盘了。你可以下载看看。没有这个文件的话,结果是不正确的。更新日期:2016年5月:https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX (提取码:1605)
发表于 2014-12-9 10:35:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 ydianlove 于 2014-12-9 10:37 编辑

晓风兄,我安装了ligplus,但是没有下载 the het group文件(你给的这个ftp的链接打不开呢)就把pdb文件输入进去了,然后结果会有影响吗?从我看到的结果来看,它只显示了疏水作用,可是我的结构里边也是有氢键的,它好像把氢键和疏水作用显示在一起了。

发表于 2012-11-2 08:28:52 | 显示全部楼层
{:soso_e179:}
发表于 2012-11-2 08:33:37 | 显示全部楼层
福音呀,汲取营养,渐渐成长
谢谢!
发表于 2012-11-2 17:00:27 | 显示全部楼层
感谢分享,这种图文教程最好了。辛苦了!
发表于 2012-11-2 18:52:10 | 显示全部楼层
给个单独的linux版本吧,谢谢
发表于 2012-11-2 21:23:07 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2012-11-2 22:25:58 | 显示全部楼层
天理-小新 发表于 2012-11-2 18:52
给个单独的linux版本吧,谢谢

嗯,如狼哥说的,同样的文件夹,放在Linux下也能用。只要安装了JAVA平台就行。记得改程序路径即可
发表于 2012-11-3 16:59:06 | 显示全部楼层
谢谢楼主分享
发表于 2012-11-4 17:29:34 | 显示全部楼层
To 墨竹晓风.  现有一PDB文件,里面有对接的配体(自己对接上去的),这在DSV3.5下可以看到的。 但是在ligplus通过open---browse打开后,显示无配体。为什么会出现这种情况?这如何处理啊?  还有ligplus 还有java都装载c:/program files文件夹里面的。但是每次运行的时候,都出现unable to create log file in tempory directory。 但是路径都按教程重新设过的啊。英文帮助看了半天,也没弄清楚。所以来请教
发表于 2012-11-4 18:30:04 | 显示全部楼层
浙医-中药筛选 发表于 2012-11-4 17:29
To 墨竹晓风.  现有一PDB文件,里面有对接的配体(自己对接上去的),这在DSV3.5下可以看到的。 但是在ligp ...

把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可!
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