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YASARA混合体系的分子动力学教程

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发表于 2014-1-3 08:01:58 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 临江仙 于 2014-1-3 08:29 编辑

    YASARA作为模拟中的战斗机,其强大、简便、炫丽一如我们所看到的那样;而且,对于android系统的program也已经面向广大人民。MD作为其最主要最有特色的模块,值得我们去学习和了解;经狼哥提议,笔者闲暇之际,总结了下一些步骤,以教程的形式与大家分享。为了犒劳下自己,决定抖一下小手,求取金币!

protein-solvent1

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protein-solvent2

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protein-solvent3

protein-solvent3

YASARA分子动力学教程.pdf

2.43 MB, 下载次数: 139

售价: 2 金币  [记录]

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参与人数 1金币 +20 收起 理由
川大-灰太狼 + 20 很给力!YASARA的好贴!

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发表于 2016-6-22 16:59:18 | 显示全部楼层
yasara除了图形界面没有文字界面进行批处理Md么?如果需要做的md多的话,难道要一个一个做前处理?
发表于 2014-12-9 00:06:59 | 显示全部楼层
下了,在学习中
发表于 2014-1-3 08:07:31 | 显示全部楼层
不懂,参观一下。呵呵
 楼主| 发表于 2014-1-3 08:09:35 | 显示全部楼层
发表于 2014-1-3 08:16:49 | 显示全部楼层
速度学习一下!哈哈
发表于 2014-1-3 09:41:45 | 显示全部楼层
哇,小仙赞的。木有YASARA的人好心动啊!!!
发表于 2014-1-3 12:18:42 | 显示全部楼层
很不错,就是没有这个模块没法弄
发表于 2014-1-3 12:57:45 | 显示全部楼层
直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧,看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing macro md_run.mcr
Macro>ForceField AMBER03 - OK
Macro>Cutoff 7.86 - OK
Macro>Boundary periodic - OK
Macro>Longrange Coulomb - OK
Macro>SimSteps 1 - OK
Macro>RequireVersion 9.9.25 - OK
Macro>CorrectDrift On - OK
Macro>WarnIsError On - OK
Macro>Clear - OK
 楼主| 发表于 2014-1-3 18:49:57 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2014-1-3 08:16
速度学习一下!哈哈

:阿里师兄,有木有很清楚的感觉,哈哈
 楼主| 发表于 2014-1-3 18:51:03 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2014-1-3 09:41
哇,小仙赞的。木有YASARA的人好心动啊!!!

哈哈,墨兄要不和YASARA请求一个试用期,嘿嘿
 楼主| 发表于 2014-1-3 18:53:46 | 显示全部楼层
雨枫 发表于 2014-1-3 12:57
直接运行md_run之后好像程序把你要做的都做了吧,看下面的运行记录
>PlayMacro mcr\md_run.mcr - Executing ...

雨枫姐,md_run.macro默认的是水相的参数,如果想一键MD,还需要自己另外修改正确,嘿嘿
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