生物分子模拟论坛

标题: ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图） [打印本页]

作者: 墨竹晓风 时间: 2012-11-1 15:43
标题: ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）
网站介绍：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/

Automatically generates schematic diagrams of protein-ligandinteractions for a given PDB file. (Click on the example on the left).
The interactions shown are those mediated by hydrogen bonds and byhydrophobic contacts.Hydrogen bonds are indicated by dashed linesbetween the atoms involved, while hydrophobic contacts are representedby an arc with spokes radiating towards the ligand atoms theycontact. The contacted atoms are shown with spokes radiating back.

LigPlot+ is a graphical front-end to theLIGPLOT and DIMPLOT programs. The plots generated bythese programs can be interactively edited on screen, superposedand printed

系统环境：Windows 7 ， ubuntu
软件平台环境：Java SE Runtime Environment (JRE)

效果示例

免费软件，但是需要申请的

其中，the het group文件较大，上传到网盘。更新日期：2016年5月：https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX （提取码：1605）

作者: 浙农林—老张 时间: 2012-11-2 08:28
{:soso_e179:}

作者: 永在追赶 时间: 2012-11-2 08:33
福音呀，汲取营养，渐渐成长
谢谢！

作者: 大工大-Chemoinf 时间: 2012-11-2 17:00
感谢分享，这种图文教程最好了。辛苦了！

作者: 天理-小新 时间: 2012-11-2 18:52
给个单独的linux版本吧，谢谢

作者: 川大-灰太狼 时间: 2012-11-2 21:23

天理-小新发表于 2012-11-2 18:52

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给个单独的linux版本吧，谢谢

此程序是Java编写，win和Linux通用的！

作者: 墨竹晓风 时间: 2012-11-2 22:25

天理-小新发表于 2012-11-2 18:52

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给个单独的linux版本吧，谢谢

嗯，如狼哥说的，同样的文件夹，放在Linux下也能用。只要安装了JAVA平台就行。记得改程序路径即可

作者: mengguren527 时间: 2012-11-3 16:59
谢谢楼主分享

作者: 浙医-中药筛选 时间: 2012-11-4 17:29
To 墨竹晓风. 现有一PDB文件，里面有对接的配体（自己对接上去的），这在DSV3.5下可以看到的。但是在ligplus通过open---browse打开后，显示无配体。为什么会出现这种情况？这如何处理啊？还有ligplus 还有java都装载c:/program files文件夹里面的。但是每次运行的时候，都出现unable to create log file in tempory directory。但是路径都按教程重新设过的啊。英文帮助看了半天，也没弄清楚。所以来请教

作者: 大工-阿里巴巴 时间: 2012-11-4 18:30

浙医-中药筛选发表于 2012-11-4 17:29

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To 墨竹晓风. 现有一PDB文件，里面有对接的配体（自己对接上去的），这在DSV3.5下可以看到的。但是在ligp ...

把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！

作者: 墨竹晓风 时间: 2012-11-4 23:46

浙医-中药筛选发表于 2012-11-4 17:29

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To 墨竹晓风. 现有一PDB文件，里面有对接的配体（自己对接上去的），这在DSV3.5下可以看到的。但是在ligp ...

检查PDB文件，首先受体和配体用TER隔开，其次配体的名称不能与残基名称相同

作者: 浙医-中药筛选 时间: 2012-11-5 08:20
呵呵，非常谢谢。我先去学学PDB文件格式。有问题再来请教。

作者: 雨枫 时间: 2012-11-21 08:51
感谢楼主，已成功安装

作者: liuxch5 时间: 2012-11-21 23:49
liscence要教育网邮箱,可不可以上传一份共享呢

作者: xufund 时间: 2012-12-19 06:33
谢谢！学习成长中

作者: 墨竹晓风 时间: 2012-12-19 08:09

liuxch5 发表于 2012-11-21 23:49

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liscence要教育网邮箱,可不可以上传一份共享呢

呵呵，群共享里面有的

作者: pesticide_ccnu 时间: 2012-12-26 09:47
呵呵，我已经安装成功了，谢谢分享~

作者: 冰晶石 时间: 2013-3-25 23:26

大工-阿里巴巴发表于 2012-11-4 18:30

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把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！

我把tmp文件路径设置为C:\cygwin\tmp，终于成功了，哎，折腾了我很长时间，希望下一个人不再那么纠结了

作者: 墨竹晓风 时间: 2013-3-26 09:57

冰晶石发表于 2013-3-25 23:26

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我把tmp文件路径设置为C:\cygwin\tmp，终于成功了，哎，折腾了我很长时间，希望下一个人不再那么纠结了 ...

哦，用cygwin跑的啊？直接Windows版的也不错，呵呵，能用就好

作者: 冰晶石 时间: 2013-3-28 23:23

墨竹晓风发表于 2013-3-26 09:57

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哦，用cygwin跑的啊？直接Windows版的也不错，呵呵，能用就好

windows下的，以前安装完了，我也很顺利的可以看图了，可是后来突然出现了9楼所述的问题出现unable to create log file in tempory directory，我怎么重新下载都不成，然后就出现了填写那个路径后才成功的结果

作者: tanxijuan 时间: 2013-4-14 11:28
请教一下ligpot压缩包解压缩到C盘后怎么打不开ligplot.exe？ligplot和ligplus是一回事吧？

作者: tanxijuan 时间: 2013-4-14 13:33
自己做的分子对接得到pdb文件，用plotplus打开进行run时什么结果都没有，是什么原因，用pymol是能看到明显的氢键作用

作者: tanxijuan 时间: 2013-4-14 21:39
已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议

作者: 墨竹晓风 时间: 2013-4-15 09:51

tanxijuan 发表于 2013-4-14 21:39

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已经成功解决，确实是个好软件，就是与直接用pymol打开显示氢键距离有差别，希望大家给建议 ...

嗯，有时候会有这种问题，因为好像是计算H键的规则有点不同

作者: tanxijuan 时间: 2013-4-16 08:20
越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建logfile，针对同样配体在PDB数据库下载蛋白后，发现该配体可以顺利显示，所以不知道自己对接的结果出了什么问题？求赐教

作者: 墨竹晓风 时间: 2013-4-16 08:54

tanxijuan 发表于 2013-4-16 08:20

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越用越觉得里面有很多问题了，不知道你们对于多环的ligand对接得到的pdb是怎么前处理，ligplus就是无法创建 ...

估计是原子style的问题。你用的是什么对接软件？对接之后是怎么处理的？

作者: tanxijuan 时间: 2013-4-18 08:27
autodock 4.2, 对接后把它们保存成pdbqt格式，然后借助openbabel转成pdb形式，因为一些简单分子这样是可以用ligplus显示的，环多一点就不行了，所以请教一下，该怎么处理呢？

作者: jianchen7882 时间: 2013-8-23 17:25

大工-阿里巴巴发表于 2012-11-4 18:30

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把TMP文件夹的设置改在非C盘所在的地方即可！

我用autodock对接之后生成了一个pdb文件，再怎么跟原来受体的pdb文件合成一个pdb文件，一方便用这个软件查看呀？谢谢

作者: 墨竹晓风 时间: 2013-12-27 10:34

qian430 发表于 2013-12-26 17:05

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墨，我把pdb导入ligplus后，自动就给出一些关键残基，但是和我能量分解得到的关键残基不一样，少了几个。怎 ...

这个我也没有试过呢，等我研究下哈

作者: 暗地纯白 时间: 2014-2-24 10:36

墨竹晓风发表于 2012-11-4 23:46

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检查PDB文件，首先受体和配体用TER隔开，其次配体的名称不能与残基名称相同 ...

我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

作者: 大工-阿里巴巴 时间: 2014-2-24 13:34

暗地纯白发表于 2014-2-24 10:36

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我用TER分开之后打开还是提示没有对接的配体，求解？

估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再输出PDB试试

作者: 暗地纯白 时间: 2014-2-24 15:35

大工-阿里巴巴发表于 2014-2-24 13:34

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估计是PDB结构本身的问题，可以尝试用商业软件，比如DS，schrodinger, MVD等等载入对接完成后的结构，再 ...

我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H链等等。

作者: 大工-阿里巴巴 时间: 2014-2-24 17:18

暗地纯白发表于 2014-2-24 15:35

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我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...

对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

作者: 暗地纯白 时间: 2014-2-25 10:30

大工-阿里巴巴发表于 2014-2-24 17:18

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对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、O等一列，可是载入还是显示没有配体，跟pdb数据库里下载的蛋白对比，pdb里面有H、L链等，可是我合成的这个复合物没有H、L链。自己添加上去，DS打开就是乱七八糟的结构。该如何才能让其在ligplus上显示（据说ligplus是用于蛋白跟小分子，而我的蛋白-蛋白似乎不能用，是这样吗？）

作者: 大工-阿里巴巴 时间: 2014-2-25 10:55

暗地纯白发表于 2014-2-25 10:30

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我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、 ...

当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫ligplot,还有个叫dimplot

作者: 暗地纯白 时间: 2014-2-25 11:03

大工-阿里巴巴发表于 2014-2-25 10:55

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当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫li ...

是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后，它里面没有显示A链和H链，这样上面选择区域的这一步，该如何选择？

作者: 墨竹晓风 时间: 2014-2-26 08:09

暗地纯白发表于 2014-2-25 11:03

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是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后 ...

把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

作者: 暗地纯白 时间: 2014-2-26 10:30

墨竹晓风发表于 2014-2-26 08:09

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把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

谢谢，问题已经解决，太感谢了

作者: 墨竹晓风 时间: 2014-2-27 09:26

暗地纯白发表于 2014-2-26 10:30

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谢谢，问题已经解决，太感谢了

是用什么方案解决的呢？

作者: 暗地纯白 时间: 2014-3-1 00:46

墨竹晓风发表于 2014-2-27 09:26

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是用什么方案解决的呢？

如你所言，添加链

作者: ydianlove 时间: 2014-12-9 10:35
本帖最后由 ydianlove 于 2014-12-9 10:37 编辑

晓风兄，我安装了ligplus，但是没有下载 the het group文件（你给的这个ftp的链接打不开呢）就把pdb文件输入进去了，然后结果会有影响吗？从我看到的结果来看，它只显示了疏水作用，可是我的结构里边也是有氢键的，它好像把氢键和疏水作用显示在一起了。

作者: 墨竹晓风 时间: 2014-12-25 13:18

ydianlove 发表于 2014-12-9 10:35
晓风兄，我安装了ligplus，但是没有下载 the het group文件（你给的这个ftp的链接打不开呢）就把pdb文件输 ...

你好，the het group文件我上传到网盘了。你可以下载看看。没有这个文件的话，结果是不正确的。更新日期：2016年5月：https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX （提取码：1605）

作者: Gary 时间: 2015-2-16 01:19

墨竹晓风发表于 2014-12-25 13:18
你好，the het group文件我上传到网盘了。你可以下载看看。没有这个文件的话，结果是不正确的。http://yun ...

分享的文件已经没了，请问能再次分享么？非常感谢

作者: 川大-灰太狼 时间: 2015-2-16 10:41
去这个帖子可以下载Ligplot的完整版，里面含有那个文件了！
Ligpolt+(Ligplus)配体-蛋白作图软件2014新版本
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1094

作者: Gary 时间: 2015-2-17 02:11

川大-灰太狼发表于 2015-2-16 10:41
去这个帖子可以下载Ligplot的完整版，里面含有那个文件了！
Ligpolt+(Ligplus)配体-蛋白作图软件2014新版本 ...

非常感谢蔡兄在年前这么忙碌的时刻给予的帮助！Happy Chinese New Year!

作者: xufund 时间: 2015-4-6 07:00
晓风兄，the het group文件上传的网盘链接已经失效，能否再次共享？多谢

作者: 墨竹晓风 时间: 2015-4-8 14:24

xufund 发表于 2015-4-6 07:00
晓风兄，the het group文件上传的网盘链接已经失效，能否再次共享？多谢

已经更新了，见2楼，谢谢

作者: Happy 时间: 2015-8-19 15:14
为什么下载的ligplus用不了？说licence已经超过一年，用不了？

作者: Happy 时间: 2015-8-19 15:16
为什么下载的ligplot用不了？？？？说licence超过一年，用不了？？？？

作者: Happy 时间: 2015-8-20 10:17
下载的ligplus软件用不了，说licence过期了？能发一份可用的安装包给我吗？谢谢

作者: 墨竹晓风 时间: 2015-8-26 13:35

Happy 发表于 2015-8-20 10:17
下载的ligplus软件用不了，说licence过期了？能发一份可用的安装包给我吗？谢谢 ...

我的licence也过期了。去官网重新申请就行，免费的。

作者: 秋水若寒 时间: 2015-11-7 13:18
按照附件中操作，安装后修改路径，我也遇到unable to create log file in tempory directory这个问题。尝试了大家说的各种路径，都不行。最后恢复到默认的C：/tmp，其他也都是默认，不是楼主附件中贴图中那么修改。之后，软件才能用。希望下一个遇到问题的人能看到这个解决办法。
另外，autodock对接结果，我是将蛋白配体复合物保存到一起了,保存为pdbqt。。也ligplot也出结果了。

作者: 逍遥的猫科动物 时间: 2015-11-12 21:30

秋水若寒发表于 2015-11-7 13:18
按照附件中操作，安装后修改路径，我也遇到unable to create log file in tempory directory这个问题。尝试 ...

如果是C：/tmp，你要在C盘新建一个tmp文件夹才行，它不会帮你建的，所以不行，今天安装的时候亲测有效。

作者: 秋水若寒 时间: 2015-11-13 16:27

逍遥的猫科动物发表于 2015-11-12 21:30
如果是C：/tmp，你要在C盘新建一个tmp文件夹才行，它不会帮你建的，所以不行，今天安装的时候亲测有效。 ...

嗯。C盘中确实有一个tmp文件夹。

作者: tjpugu 时间: 2015-12-29 20:22
请问一下申请下载后多长时间它会给回复呢？我还必须下个JAVA吗？

作者: tjpugu 时间: 2015-12-30 21:23
楼主您好，我申请成功了下载的密码，但是却总是下载失败，是因为网络的问题吗？我需要翻墙什么的吗？

作者: tjpugu 时间: 2015-12-31 18:58

墨竹晓风发表于 2015-8-26 13:35
我的licence也过期了。去官网重新申请就行，免费的。

您好，我在官网上申请成功了密码，但是下载总是失败，不知道是什么原因？

作者: 墨竹晓风 时间: 2016-1-3 22:28

tjpugu 发表于 2015-12-31 18:58
您好，我在官网上申请成功了密码，但是下载总是失败，不知道是什么原因？ ...

这个不清楚了，按理说应该是可以的

作者: tjpugu 时间: 2016-1-5 11:52

墨竹晓风发表于 2016-1-3 22:28
这个不清楚了，按理说应该是可以的

谢谢回复，我刚刚解决这个问题了，只是学校的网速不行而已

作者: tjpugu 时间: 2016-1-5 12:49

墨竹晓风发表于 2014-12-25 13:18
你好，the het group文件我上传到网盘了。你可以下载看看。没有这个文件的话，结果是不正确的。更新日期： ...

您好,请问 the het group您是怎么下载下来的?我打开官网上的链接,就出现了一篇编码啊

作者: tjpugu 时间: 2016-1-5 13:59
请问楼主，我严格按照流程装的，但现在PDB打不开，不知是什么原因？

作者: tjpugu 时间: 2016-3-3 17:07
安装步骤都是严格遵循着这个方法，可是一直在截图的这个页面卡着，不知道是为什么？

作者: sky_lynn 时间: 2016-3-7 14:52
感谢分享，这种教程很好啊！受教了

作者: 墨竹晓风 时间: 2016-3-8 09:56

tjpugu 发表于 2016-1-5 12:49
您好,请问 the het group您是怎么下载下来的?我打开官网上的链接,就出现了一篇编码啊 ...

在链接处，不要点击打开，右键点击另存为

作者: 墨竹晓风 时间: 2016-3-8 09:57

tjpugu 发表于 2016-3-3 17:07
安装步骤都是严格遵循着这个方法，可是一直在截图的这个页面卡着，不知道是为什么？ ...

这个是软件的启动页面，File里面open蛋白即可。

作者: tjpugu 时间: 2016-3-9 12:40

墨竹晓风发表于 2016-3-8 09:56
在链接处，不要点击打开，右键点击另存为

谢谢，我确实没想到还可以这样

作者: zxc1984 时间: 2016-4-16 19:06
好东西，找了好久才找到这样的软件，看来还要多学习啊，嘿嘿

作者: 不会游泳的鱼 时间: 2016-5-5 11:04

暗地纯白发表于 2014-3-1 00:46
如你所言，添加链

你好，我做的也是蛋白-蛋白对接的pdb，和你出现了一样的问题。请问你是怎样解决的呢，我改成了A,H的名字也还是不可以啊

作者: 有点坑 时间: 2016-5-12 17:28
谁有license没过期的安装包啊求一份谢谢

作者: 有点坑 时间: 2016-5-12 17:31
谁有license没过期的安装包啊

作者: 麦客 时间: 2016-7-19 22:01
请问大神，怎么把结果保存为图片格式？

作者: 药大-砯壑 时间: 2020-4-19 11:35
谢谢楼主分享

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