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【分子动力学软件】 今日: 0|主题: 457|排名: 9 

本版主要交流分子动力学软件的安装和使用技巧,如Gromacs、NAMD、Lammps、AMBER等。
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[AMBER] 如何查看MDCRD/DCD 里的信息 Lordking 2018-5-18 0168 Lordking 2018-5-18 01:31
[AMBER] 用AMBER 优化LOOP的系数设置 attach_img Lordking 2018-5-3 0200 Lordking 2018-5-3 23:24
[AMBER] 跑AMBER MD 能得到蛋白质断开,分散的结果吗? Lordking 2018-4-25 1255 川大-灰太狼 2018-4-26 17:29
[AMBER] AMBER16 CUDA GPU 计算 error message 新人帖 attach_img Lordking 2018-4-23 0183 Lordking 2018-4-23 08:06
[AMBER] sander.MPI并行运算速度慢 半里格 2017-11-18 6831 viger87 2018-3-2 11:43
[AMBER] 急切希望得到帮助啊啊:计算mmpbsa总是出现com.prmtop出错 新人帖 attach_img  ...2 乐仁释 2016-6-10 191482 yuanlinchen 2018-2-7 21:05
[AMBER] 求助,如何将amber16的mdcrd转换成VMD识别的格式,谢谢 新人帖 yuanlinchen 2017-12-11 3498 半里格 2017-12-26 11:44
[AMBER] 急急急!求Zn2+模拟所需的参数文件,包括frcmod以及prepi 新人帖 Nidane_i66PC 2017-10-27 0238 Nidane_i66PC 2017-10-27 20:14
[AMBER] 带金属Ni2+离子的酶如何跑动力学 yuyanqing 2014-11-6 71186 Nidane_i66PC 2017-10-27 20:08
[AMBER] Amber是否能用于计算配体中的基团与蛋白之间的能量? gct 2017-9-28 1431 邙山的鱼 2017-10-9 14:08
[AMBER] 用amber中的MMPBSA算二聚体结合能的问题 attach_img - [回帖奖励 10 ] 疯狂的鬼马 2017-9-18 1604 syjohn 2017-9-27 00:24
[AMBER] AMBER12拟合小分子resp电荷 agree 墨竹晓风 2013-1-10 33511 威夫 2017-9-3 15:55
[AMBER] amber 倒入蛋白PDB生成参数时提示出错 新人帖 davide1988 2016-3-19 2722 威夫 2017-9-3 15:52
[AMBER] amber软件的模拟步骤 新人帖 纸风车 2017-8-28 1678 syjohn 2017-8-29 02:46
[AMBER] Amber不识别CL Created a new atom named: CL1 半里格 2017-7-22 5380 邙山的鱼 2017-8-11 21:47
[AMBER] 求助native interactions和nonnative interactions分别指什么? 新人帖 abiana 2017-7-4 0246 abiana 2017-7-4 09:37
[AMBER] 小白求助:amber怎么做二级结构随时间变化的图 窗边的小豆豆 2016-12-8 2440 邙山的鱼 2017-6-30 16:25
[AMBER] amber计算蛋白与小分子动力学出错 a779521025 2017-6-21 2513 邙山的鱼 2017-6-30 16:22
[AMBER] 二聚体MD之后rmsd异常,可能是显示了镜像,怎么还原回正常 attach_img 疯狂的鬼马 2017-6-6 0358 疯狂的鬼马 2017-6-6 09:39
[AMBER] 小分子配体-蛋白-膜体系的结合自由能计算 wangpanpan98 2017-5-3 1566 puzhongji 2017-5-8 13:25
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