mol2中可能存在的原子类型错误总结

数据挖掘

1碳上连有两个OH;
2呋喃 噻吩上的杂原子本来是sp2但在sybyl中要将其改为sp3,另外上面的芳香原子的类型，也改为普通原子类型，
ar---2（sp2）
3Nar的氮原子不能连氢，要将其改成pl3
4五元环上的碳不用ar表示，除非那个原子刚好也在苯环上；
5非羰基氧都是sp3杂化，羰基氧是sp2杂化


6分子是断的，用连通性算法，把这些分子挑出来。


键类型的更改，在sybyl中修改原子类型，自动更改键的类型。然后保存对比两个文件，就知道了。



欢迎大家补充错误类型。

随后我会把批量处理的perl脚本贴出来。

数据挖掘

单独修改mol2的文本中原子的类型，键的类型不会自动更改。
但若你再sybyl中修改原子的类型，键的类型会自动更改。

不知道大家有没有修复键的类型的软件

或者自己写个脚本  ，在原子类型正确的前提下，矫正键的类型。
这样处理mol2中的错误 刚开始集中于原子类型，
最后统一修改键的类型