Distance matrix图解析

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昨天看文章时发现一个以前没做过的图，经阿里巴巴兄的详解，小弟现在略知一二，在这里谢谢阿里兄。现在把图贴到这里，望大家一起讨论，以方便后来人的学习。

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the   number   of   contacted   residues   within   a   cut-offdistance of 0.6 nm (defined according to the radial distri-bution function(Massi et al., 2002) in I66Q was 6 pairs,whereas  no  such  contacted  residues  has  been  found  in WT cC.我当时以为可以通过对比两个图片的区别，如A和B那个地方与WT不同，可以具体数出哪些氨基酸之间存在相互作用。其实不然，在GMX里输入g_mdmat可以得到原始的数据文件，在那里每两个残基的距离对应一个格点，每个格点对应一个有个值，小于0.6的数出来应该就可以了，代表两个残基间存在相互作用。具体的命令可以到http://manual.gromacs.org/进行查看

jerrysky2011

我也做了这个图的，就像楼上说的，这个图是用来表示蛋白侧链残基基础图，可以用来表征多肽之间的疏水相互作用，gmx做的图就是黑白的，可以用一些作图软件比如VMD，pymol等可以显示为彩色的，但是目前我还不会用这些软件来做。其实，我想问个问题这个图能够怎么样来解释，我做了两个图，我就是想表明一下他们之间的作用力的强弱，但是我不明白怎么来解释。