PDB文件如何编辑

河外生命 · 发表于 2015-3-22 14:23:07

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今天我对一个蛋白的晶体结构PDB文件进行一些编辑，去掉原晶体结构里的小分子配体的坐标，但是做grid的时候，autodock 4.2提示缺少文件，不能进行。
请问大家应该怎样对晶体结构的PDB文件进行正确的编辑，避免上述情况出现，谢谢指教！

未央尊 · 发表于 2015-3-24 14:43:12

pymol 打开杀掉小分子就行，或者PDB打开删掉小分子保存后，然后处理进行对接就行

河外生命 · 发表于 2015-3-26 20:51:46

未央尊发表于 2015-3-24 14:43
pymol 打开杀掉小分子就行，或者PDB打开删掉小分子保存后，然后处理进行对接就行 ...

谢谢回复，我是按照您讲的后一个方法做的，但是对接做到grid的时候就出错，不能进行。说是缺少fld文件，不知是什么原因。请问用pymol怎么去掉小分子？谢谢指点！

未央尊 · 发表于 2015-3-26 21:28:56

选中小分子，右击remove,好像是这个

河外生命 · 发表于 2015-3-27 16:39:38

未央尊发表于 2015-3-26 21:28
选中小分子，右击remove,好像是这个

试了，可以，非常感谢！

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