autodock对接中配体包含金属离子的问题

atmdd · 发表于 2014-9-10 17:01:57

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请问用autodock做对接时，配体中有个Mg离子该如何处理，我看了阿里巴巴师兄的金属酶对接的教程，和我的情况不太一样。我的配体在用ligand菜单输入处理后在输出为pdbqt后，Mg离子会被自动删除了。如果是用file菜单下read小分子并转化为pdbqt，用这个配体pdbqt文件去进行autogrid没有问题，但是在Docking菜单下载入不了这个配体的pdbqt配体，提示不能下面图显示的错误。请问该如何处理呢？file:///C:\Users\cc\Documents\Tencent Files\195425742\Image\C2C\6Y7ZJAPYYPRH{CD1U{P{IIS.jpg

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