对接前配体分子的构象生成用什么软件比较好？

Quintin · 发表于 2014-9-3 17:39:02

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各位同行好，请问有谁知道对接前配体分子的构象生成用什么软件比较好？

fanc232 · 发表于 2014-10-8 16:58:31

你的配体是2维结构的吗？要生成三维结构的话，方法若干：第一，拿chemoffice里面的chem3D模块生成；第二，偷着下载一个SYBYL或者schrodinger等分子模拟软件，拿配体准备模块生成；第三，用openbabel或者openeyes公司的omega模块生成。

浪模拟 · 发表于 2014-9-4 13:06:21

配体分子的构象不用优化的，只要能生成pdbqt文件就行了！

Quintin · 发表于 2014-10-14 16:07:07

谢谢各位的建议。
我的配体一开始是自己用chemdraw 画的2维结构。因为化合物中有些立体中心构型还不是很清楚，所以我希望找到不仅考虑由键旋转而产生的各种构象还能考虑构型影响的软件。我现在用的软件（CLC Drug Discovery Workbench) 只能产生围绕flexible bonds 旋转的构象。
Pubchem3D 的 Conformer似乎有这种功能，它的技术核心好像正是Openeyes公司的，不知道有没有人用过？

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