autodock安装问题，纠结中，求教

中国心

我的安装步骤是按下边的来的。
1.到www.cygwin.com上下载cygwin.exe，此文件只有572kb；
2.下一步选择install from internet或者download without installing；
3.默认下一步，下载网站时选择http://mirrors.kernel.org这个；
4.select packages这一步关键，将devel, editor, graphies, shells, x11这几项的“default”点击为“install”；

在这一步中，我下载安装了一晚上才下了60%就走不动了，不知道为什么会这样，求教！

此外，我想安装一个vina版本的，是不是只安一个autodock_vina_1_1_2_win32.msi就可以了，那个程序很小，安装了，很快，也没有显示在哪里。各种问题呀！

川大-灰太狼

首先，如果你以后要进步一深入学习分子对接，分子动力学等相关计算，那么推荐你使用Linux系统！
其次，AutoDock分子对接软件实际上是包含两个部分：一部分是AutoDockTools（ADT）用于对接前的准备，第二部分是运行程序Autogrid和Autodock两个小的执行程序。
现在win版的Autodock不需要安装Cygwin，直接可以安装ADT，然后执行Autogrid和Autodock。
另外一种方法就是在win上安装一个Linux虚拟机，在虚拟的Linux平台下安装ADT然后运行Autogrid和Autodock两个小的执行程序。

大工大-Chemoinf

我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin，安装好mglTool之后（也要安装python25），在这里面对配体和受体进行处理。然后再windows的类dos窗口输入 autogrid4 加上参数，autodock4加上参数运行就可以了。

最好把autogrid和autodock设置环境变量。

中国心

大工大-Chemoinf 发表于 2012-11-2 16:59

                               
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我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin，安装好mglTool之后（也要安装python25 ...

好的，我试试，谢谢

seagoing

"我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin，安装好mglTool之后（也要安装python25），在这里面对配体和受体进行处理。然后再windows的类dos窗口输入 autogrid4 加上参数，autodock4加上参数运行就可以了。
最好把autogrid和autodock设置环境变量。"
这种设置环境变量的办法，autodock4在windows系统中运行速度如何（与在Linux系统中运行速度相比）？

川大-灰太狼

seagoing 发表于 2012-11-3 11:56

                               
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"我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin，安装好mglTool之后（也要安装python25 ...

AD在Win系统中比Linux中慢得太多，不是一个重量级的：）

大工大-Chemoinf

seagoing 发表于 2012-11-3 11:56

                               
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"我也是最新安装的autodock。最新autodock4在windwos中不需要cygwin，安装好mglTool之后（也要安装python25 ...

我实验的时候，特别慢！

植生所-Joemin

autogrid4,exe我怎么办找不到,在什么地方下这个?

小草

植生所-Joemin 发表于 2012-11-6 08:15

                               
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autogrid4,exe我怎么办找不到,在什么地方下这个?

去官网下载的时候可以把Autogrid.exe文件和Autodock.exe文件都下下来