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    <title>生物分子模拟论坛 - 【分子对接软件】</title>
    <link>http://bioms.org/forum-184-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 【分子对接软件】</description>
    <copyright>Copyright(C) 生物分子模拟论坛</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Wed, 13 May 2026 19:33:44 +0000</lastBuildDate>
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      <title>生物分子模拟论坛</title>
      <link>http://bioms.org/</link>
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      <title>进阶版-结合模式的预测和评估 | SeeSAR</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62682-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在过去的几十年，评分函数已经获得了充足的发展，但是能够 100% 可靠地预测化合物结合模式以及活性的算法仍未攻克。
上一篇文章我们介绍了结合模式的预测和评估、以及通过药效团约束来增加预测的精准度。在一种更加普遍的情况下，如果已经解析了分子和靶标的晶体结构， ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>tuxiao</author>
      <pubDate>Thu, 21 Apr 2022 09:31:36 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>结合模式的预测和评估 | SeeSAR</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62681-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[结合模式的预测和评估有助于发现具有良好结合亲和力的化合物，而良好的结合亲和力是化合物发挥其药理作用的前提。分子对接是预测结合模式的一种常规方法，可以在原子层面上，评估分子和靶标可能形成相互作用的必要条件（如疏水相互作用、氢键等），从而为具有良好亲和力 ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>tuxiao</author>
      <pubDate>Thu, 21 Apr 2022 01:05:18 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Schrodinger安装求助</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62662-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求助，win10安装Schrodinger软件后，打开Maestro提示错误，反复安装好多遍依然这个问题，错误提示见附件。
求问大家有没有遇到同样问题的，如何解决。]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>Chauncey</author>
      <pubDate>Thu, 09 Dec 2021 04:50:50 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>蛋白-蛋白对接与amber分子动力学教程</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62660-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[1.针对PD-1, PD-L1靶点进行蛋白-蛋白分子对接2. 针对利拉鲁肽药物靶点进行蛋白-多肽分子对接分子动力学全过程讲解与实操
请看相应文件内容链接教程：https://mp.weixin.qq.com/s/d_xeVoeZBB-W22BLXMuVNw
 ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>无敌暴龙战士</author>
      <pubDate>Fri, 12 Nov 2021 06:44:30 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>使用MolAICal和深度学习模型OnionNet进行药物亲和力的预测</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62657-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[使用MolAICal和深度学习模型OnionNet进行药物亲和力的预测  作者：MolAICal （update 2021-10-16） 更多教程（含英文教程）请见如下：MolAICal官方主页：https://molaical.github.ioMolAICal官方主页中国镜像：https://molaical.gitee.ioMolAICal 文章介绍：https://ar ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>MolAICal</author>
      <pubDate>Thu, 21 Oct 2021 16:09:39 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>使用MolAICal 进行分子对接</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62656-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[使用MolAICal进行分子对接  作者：MolAICal （update 2021-10-16） 更多教程（含英文教程）请见如下：MolAICal官方主页：https://molaical.github.ioMolAICal官方主页中国镜像：https://molaical.gitee.ioMolAICal 文章介绍：https://arxiv.org/abs/2006.09747 和 https ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>MolAICal</author>
      <pubDate>Wed, 20 Oct 2021 08:47:50 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子对接新药筛选相关学习内容</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62650-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>海大富66</author>
      <pubDate>Mon, 11 Oct 2021 01:51:40 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>SeeSAR：最适合初学者使用的分子对接软件</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62646-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[SeeSAR 是一款著名的药物设计软件，用户涵盖拜耳、罗氏、默克等著名的国际制药公司，功能从虚拟筛选到基于片段的设计，覆盖药物发现的每一步，其高效和易于使用的特点使每一个科研工作者可以更轻松的推进研究。
SeeSAR 可以安装在任何平台（Windows、Linux和Mac OS）， ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>tuxiao</author>
      <pubDate>Fri, 08 Oct 2021 05:44:23 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求autodock批量对接的教程！！</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62647-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[大佬们，求autodock的批量对接教程！！！一个一个对接太耗费时间了！！]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>一蓑烟雨</author>
      <pubDate>Wed, 29 Sep 2021 06:43:23 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>小分子对接</title>
      <link>http://bioms.org/thread-62643-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[AutoDock怎么进行2个小分子对接]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>小郭</author>
      <pubDate>Sun, 26 Sep 2021 08:35:14 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：如何将多个配体同时对接进一个蛋白质</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49330-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位老师同学好，我有一个口袋很大的蛋白质，当只对接一个分子到口袋内时，由于口袋太大导致分子倾向于停留在口袋中心，此时该分子与蛋白质无明显相互作用。于是我考虑将多个（&gt;=2）该小分子同时对接到口袋里。

我在经过搜索之后，看到有人提出了一个方法：
1. 先将对 ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>RandomError</author>
      <pubDate>Sat, 26 Dec 2020 08:58:25 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>AUTODOCK结果分析时报错</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49291-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在进行“.dlg\&quot; 文件结果分析时，按步骤”Analyze&gt;Show Interactions\&quot;进行操作，出现以下错误，请问有人知道是哪里出现了问题吗？
Traceback (most recent call last):
  File \&quot;C:\\Program Files (x86)\\MGLTools-1.5.6\\lib\\site-packages\\ViewerFramework\\VF.py\&quot;, line 8 ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>黎夜_k3yWn</author>
      <pubDate>Sat, 17 Oct 2020 07:27:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Autodock对接时应如何处理离子型配体</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49272-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我用Autodock做对接时，小分子配体是一个季铵盐，但是系统处理生成pdbqt文件时没有考虑N原子的电荷，处理之后整个分子的总电荷是0，查阅一些资料又说手动修改Gasteiger电荷不能直接加上相应价态，会有误差，请问这种情况应该如何处理？
 ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>MagicAn</author>
      <pubDate>Fri, 09 Oct 2020 09:32:09 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于Autodock结果的评判</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49256-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[有碰到结合能最低结构，但不是分簇中占比最高的
感觉一般还是选择能量最低的结构？有些文献簇中最多的和能量最低的是同一个当然就不存在这个问题
之前以为是对接的数量不够导致，后来将参数设大了，跑了好久，结果还是类似的

另外重新分簇reclustering以2.0A分出来和直 ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>Jheng_zyp0X</author>
      <pubDate>Fri, 25 Sep 2020 01:50:54 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问一下各位老师DS软件里面2D图怎么导出更清晰呀</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49248-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[可不可以导出矢量图或者分辨率很高的图，该怎么设置呢？]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>煮猴子_K5ID1</author>
      <pubDate>Fri, 18 Sep 2020 13:39:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问有人能分享一下用薛定谔做共价对接的教程吗</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49245-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[最近在做分子对接，蛋白和小分子配体间是共价键连接的，所以想做一个共价对接，之前都是用普通对接，但操作流程上不太一样，一直没有成功。]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>游心太玄</author>
      <pubDate>Fri, 11 Sep 2020 05:14:04 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>请问有人知道怎么在ubuntu上安装mgltools么？</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49243-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想在Ubuntu上通过指令安装mgltools，但是安装后没办法通过指令去打开mgltools，特别是软件中的脚本不能打开，求解]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>guan</author>
      <pubDate>Wed, 09 Sep 2020 06:32:41 +0000</pubDate>
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      <title>请问对接前配体准备电荷可以不为零吗？</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49237-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在配体预处理时发现有些配体对接前是带电荷的，用Schrodinger可以质子化处理变成电中性，但是消除电荷后配体还是原来的配体吗？带电荷进行对接对结果有什么影响？以及在autodock中配体的加电荷步骤应该根据配体种类决定还是全部都加compute  Gasteiger？ ...]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>Thanos</author>
      <pubDate>Thu, 20 Aug 2020 08:47:59 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>求助如何查找原子参数文件</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49233-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问在用Autodock做分子对接时，遇到软件中默认原子类型中缺乏的原子，需要修改PDBQT文件中的原子电荷时，如何查找该原子的参数文件呢？由衷感谢]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>起名好难</author>
      <pubDate>Mon, 17 Aug 2020 08:21:24 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>想请问一下在autodock中怎么模拟共价键呢？</title>
      <link>http://bioms.org/thread-49198-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[顺便问下有没有相关的教程呢？谢谢大家]]></description>
      <category>【分子对接软件】</category>
      <author>balabala.</author>
      <pubDate>Sat, 25 Jul 2020 02:19:37 +0000</pubDate>
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