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标题: Pymol 选择指定范围内的氨基酸 [打印本页]

作者: 数据挖掘 时间: 2013-9-25 15:09
标题: Pymol 选择指定范围内的氨基酸
背景：有些蛋白没有解析出小分子（辅酶），而我们知道小分子在大分子中的位置是保守的。
这时候，我们可以通过叠合（align）操作，来添加小分子辅酶；
这时候通常会出现一些问题，辅酶和一些氨基酸发生碰撞。
你可以通过人眼观察，伤眼。
通过选择3A 或者 2A 范围内的氨基酸来确定哪些氨基酸发生碰撞或者距离不合理。
图形化的pymol是不能自由选择指定范围的氨基酸的。

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在解析的晶体结构中，我发现3A以内是有氨基酸原子的，确定最小距离2.6A

我就选择3A范围，以及2.5A范围内的氨基酸

操作：
我的辅酶是NAP
select  起名字，指定要选的范围（对象）
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select NAP3A, resn NAP around 2.6       #选择离NAP2.6A范围内的原子
select NAP3Aress,byres NAP3A             #选择离NAP2.6A范围内的氨基酸残基

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补充：
Pymol 图形化操作只能选择配体4A，5A，6A等范围内的氨基酸，操作简单，但灵活性差。
around 4A 和expand 4A 的区别
around 原子的中心到目标中原子的中心的最短距离<4A即可
expand考虑的原子的半径，原子表面到目标中原子的中心的最短距离<4A即可
差别不是很大

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