生物分子模拟论坛

标题: autodock-Win版2014年最新中文版教程 [打印本页]

作者: 未央尊 时间: 2014-1-3 10:40
标题: autodock-Win版2014年最新中文版教程
本帖最后由未央尊于 2014-1-9 11:11 编辑

因我是在原来版本的基础上添加了一些细节包括gpf，dpf文件处理等，建议大家两个版本的教程参考着看，原版的个人觉得还是很好的，原版本大家可以在论坛下载，因上传文件大小限制，就不上传原版本了，作为新人编的教程，望各位前辈多多指教，提前谢谢了{:soso_e113:}

此版本Autodock教程采用最新的Autodock软件包：
MGLTools1.5.6
Autodock 4.2
不需要安装cywin，直接安装MGLTools1.5.6。
安装MGLTools1.5.6之前需要安装Python2.5及以上版本。

作者: 墨竹晓风 时间: 2014-1-3 10:53
支持下，能说明下改进或者更新的细节处就更好了。有利于其他人参考{:soso_e100:}

作者: 大工-阿里巴巴 时间: 2014-1-3 11:33
强力支持！哈哈

作者: 尐狐 时间: 2014-1-3 11:35
顶~~~~~~~~~~

作者: 不经意间的呐喊 时间: 2014-1-3 11:36
支持后续linux下的教程，如果有自己使用autodock做虚拟筛选的经验就更好了

作者: ppprotein 时间: 2014-1-3 11:37
好东西，支持！~~~~~~~~~

作者: 未央尊 时间: 2014-1-3 11:41

墨竹晓风发表于 2014-1-3 10:53

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支持下，能说明下改进或者更新的细节处就更好了。有利于其他人参考 ...

添加的细节在于，安装时关于盘的处理，还有运算autogrid autodock ，以及关于dpf和gpf的处理，还有在怎么设置不可扭转键的具体操作

作者: Angelina婷 时间: 2014-1-3 11:43
大爱。。。。我发誓我一定要把AUTODOCK学好，不然对不起论坛里和群里这个好朋友们的帮助。。。。

作者: 魂归绝情剑 时间: 2014-1-3 12:40
能问一下autodock怎么在win7下安装吗？？

作者: Valar_Morghulis 时间: 2014-1-3 12:46
看帖前要先顶！{:soso_e179:}

作者: xufund 时间: 2014-1-3 12:48
辛苦了。新年快乐！

作者: 水晶紫 时间: 2014-1-3 13:09
顶起~~~~

作者: 未央尊 时间: 2014-1-3 13:23

魂归绝情剑发表于 2014-1-3 12:40

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能问一下autodock怎么在win7下安装吗？？

软件里，有关于安装的，你要下载mgltools，该了名字，直接安装就行，路径要英文的

作者: forpal 时间: 2014-1-3 13:30
给力啊支持一个

作者: 未央尊 时间: 2014-1-3 13:30

魂归绝情剑发表于 2014-1-3 12:40

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能问一下autodock怎么在win7下安装吗？？

你可以看看pdf文件里，里面有介绍

作者: 川大-灰太狼 时间: 2014-1-3 13:39
非常不错的贡献帖！从准备到对接，再到分析展示，支持！如果新手有什么问题，可以跟帖请教未央。

作者: 川大-灰太狼 时间: 2014-1-3 13:40

不经意间的呐喊发表于 2014-1-3 11:36

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支持后续linux下的教程，如果有自己使用autodock做虚拟筛选的经验就更好了

Linux下的操作基本一样，除了运行的时候使用命令。

作者: 小猪海阔天空 时间: 2014-1-3 14:34
感谢分享

作者: 魂归绝情剑 时间: 2014-1-3 16:30

未央尊发表于 2014-1-3 13:30

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你可以看看pdf文件里，里面有介绍

软件在哪下啊，百度上吗？

作者: 未央尊 时间: 2014-1-3 17:17

魂归绝情剑发表于 2014-1-3 16:30

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软件在哪下啊，百度上吗？

pdf里有连接奥，

作者: 未央尊 时间: 2014-1-3 17:17

魂归绝情剑发表于 2014-1-3 16:30

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软件在哪下啊，百度上吗？

pdf里有连接奥，

作者: 临江仙 时间: 2014-1-3 18:56

，师弟威武哈

作者: 南华-ET 时间: 2014-1-4 16:50
有问题请教一下，我在跑 Run - run autogrid的时候总是提示错误，无论是win还是linux，都存在这个错误。

作者: 未央尊 时间: 2014-1-4 17:22

南华-ET 发表于 2014-1-4 16:50

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有问题请教一下，我在跑 Run - run autogrid的时候总是提示错误，无论是win还是linux，都存在这个错误。 ...

你的GPF文件处理过么？你给我看下你运算的那步的截图

作者: 海洋 时间: 2014-1-8 11:10
支持，支持，师弟的帖子，呵呵

作者: combool 时间: 2014-1-11 09:23
非常棒的帖子，

作者: ottolzm 时间: 2014-1-17 21:53
感谢楼主未央尊

作者: ottolzm 时间: 2014-1-18 16:59
再次感谢

作者: Alicetwilight 时间: 2014-1-19 09:42
支持~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

作者: 蓝色天空 时间: 2014-1-22 16:45
超牛，支持楼主

作者: tanxijuan 时间: 2014-1-23 10:45
支持支持，下载一份

作者: 湖北文理-紫玉 时间: 2014-1-25 15:40
此贴经典又实用，值得强力推荐！

作者: xufund 时间: 2014-1-30 01:54
严重支持！谢谢分享！

作者: xufund 时间: 2014-1-30 01:55
也希望后续有linux版本的教程。呵呵

作者: ynqjmzq 时间: 2014-2-27 11:33
我的系统是win7的，现在正在学习中，之前一直在看川大-灰太狼师兄的，很赞，现在又有最近的、更详细的了真好，感谢师兄师姐们无私的奉献，一定把AutoDock学好~~~

作者: songsong 时间: 2014-3-10 00:08
谢谢了，领份资料学习去

作者: junjun0711 时间: 2014-3-17 15:24
感谢楼主

作者: wjqtt6082 时间: 2014-3-29 16:08
唔好东西当顶之！

作者: fyqweas 时间: 2014-4-2 10:42
不错好好学习下

作者: mingzhui 时间: 2014-4-3 11:02
好东西，点个赞

作者: 啃猴子的桌子 时间: 2014-4-6 20:06

必须顶！！！

作者: hahajing 时间: 2014-4-6 22:36
好东西，努力学习中

作者: jacker 时间: 2014-4-30 15:26
想学习，好东西，3q

作者: lq102021 时间: 2014-5-13 15:38
支持楼主

作者: 0532shaka 时间: 2014-6-11 11:22
非常感谢！新人在学习过程中遇到了很多问题！

作者: 冯丽丽 时间: 2014-6-25 10:04
谢谢分享

作者: jyc071000 时间: 2014-7-2 20:28

顶~~~~~~~

作者: sportsgenie 时间: 2014-7-3 18:01
autodock初学者的福音，强烈支持

作者: 雨雪风霜 时间: 2014-7-7 18:08
教程里的ASD.pdb文件能不能上传一个？

作者: 未央尊 时间: 2014-7-7 22:12

雨雪风霜发表于 2014-7-7 18:08

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教程里的ASD.pdb文件能不能上传一个？

小分子，你用Chem office 软件画一个就行，主要用其中的chem 3d模块来画小分子

作者: zhengwei0407 时间: 2014-7-7 22:19
run autogrid时，autogrid4的路径是什么，没有装autogrid4啊，1.5.6的版本不用cywin的吧

作者: zhengwei0407 时间: 2014-7-7 22:20
run autogrid时，autogrid4的路径是什么，没有装autogrid4啊，1.5.6的版本不用cywin的吧

作者: zhengwei0407 时间: 2014-7-8 10:53
运行的时候，autodock4.2的路径怎么填？运行不出来啊

作者: 未央尊 时间: 2014-7-8 12:36

zhengwei0407 发表于 2014-7-8 10:53

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运行的时候，autodock4.2的路径怎么填？运行不出来啊

安装个auodock4.2.3-win32.exe就可以了

作者: zxc1984 时间: 2014-7-8 15:10
非常感谢！写得非常好，看过之后不禁要回来赞一下！

作者: 徐晓亮12134 时间: 2014-7-19 10:30
支持支持

作者: ct_2013 时间: 2014-7-22 18:59
太好了，顶一个！

作者: weiwei111 时间: 2014-8-25 21:44
楼主牛人呀

作者: 有效提取 时间: 2014-8-27 22:27
谢谢未央尊！虽然暑假前搞通过几次，现在再看，还是有帮助

作者: tianfa 时间: 2014-8-30 08:57
灰常不错的教程! 给赞!

作者: autoliu 时间: 2014-9-1 14:20
谢谢，新版用的时候感觉就是时灵时不灵，可能是我的操作有问题，再学习一下

作者: lihaibo 时间: 2014-9-7 10:42
感谢分享

作者: njufengbin 时间: 2014-9-14 22:00
刚来金币不够，楼主行行好发我一份行不行

binzhilei@qq.com

作者: autoliu 时间: 2014-9-17 15:48
谢谢lz，好好学习一下

作者: 木言悠 时间: 2014-9-18 09:07
格子中心设置依据是什么？

作者: 秋天的太阳 时间: 2014-9-18 15:03
好东西，感谢分享！

作者: ejiao 时间: 2014-10-14 21:57
刚来金币不够，楼主行行好发我一份行不行 495220519i@qq.com 太感谢了

作者: guochaoxu 时间: 2014-12-12 15:00
恩，很好，支持啊！！！

作者: 冯丽丽 时间: 2014-12-22 10:26
太好了，最近被对接折腾疯了，好好学习

作者: kangsgo 时间: 2014-12-22 20:44
支持一下哈~谢谢作者，作者辛苦了

作者: drowningfish 时间: 2015-2-4 14:09
先顶，再学习

作者: 一世倾心 时间: 2015-2-8 15:18
谢谢分享。

作者: ts2009 时间: 2015-2-12 19:37
{:soso_e142:}

作者: ppoopp 时间: 2015-3-1 02:46
感谢分享！

作者: 583511402 时间: 2015-3-15 15:33
最新更新的啊，感谢楼主分享了

作者: hk19820627 时间: 2015-3-20 10:34
一定好好学习，大爱

作者: Odyssey 时间: 2015-3-23 10:25
顶，下下来看看

作者: Odyssey 时间: 2015-3-23 10:27
很详细，教程很棒

作者: mimi 时间: 2015-3-26 21:35
Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.

****************************************************************
Personal firewall software may warn about the connection IDLE
makes to its subprocess using this computer's internal loopback
interface.  This connection is not visible on any external
interface and no data is sent to or received from the Internet.
****************************************************************

IDLE 1.2.2    ==== No Subprocess ====
>>> Unable to assign HAD type to atom Mg
Unable to assign valence to atom FASLG:B: MG301:MG type = Mg
Unable to assign MAP type to atom Mg
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom FASLG:B: MG301:MG
Unable to assign XYZ type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign XYZ type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign XYZ type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Unable to assign HYB type to atom Mg
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "F:\AutoDock Vina\mgltools\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
return self.func(*args)
  File "F:\AutoDock Vina\mgltools\lib\site-packages\Pmv\guiTools.py", line 350, in do_1
self.kill(e.widget.get(e.widget.nearest(e.y)))
  File "F:\AutoDock Vina\mgltools\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 144, in kill
if self.manager.processCts[prog]>0:
KeyError: 'AutoDock'
这个是怎么回事呢  多谢

作者: 未央尊 时间: 2015-3-27 10:19
因为，AUTODOCk软件里没有金属离子的立场，要自己添加才行，你搜搜，我记得群论坛有关于金属离子的立场文件来

作者: 未央尊 时间: 2015-3-27 10:20

mimi 发表于 2015-3-26 21:35
Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyrigh ...

因为，AUTODOCk软件里没有金属离子的立场，要自己添加才行，你搜搜，我记得群论坛有关于金属离子的立场文件来

作者: swsnail 时间: 2015-3-31 16:18
{:soso_e179:}

作者: 小小虫 时间: 2015-4-2 10:32
新手求指教
IDLE 1.2.2    ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 968, in doit
self.vf.ADstart_manage.addProcess(ps)
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autostartCommands.py", line 269, in addProcess
if not self.kill.master.winfo_ismapped() and not self.kill.done:
  File "E:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 749, in winfo_ismapped
self.tk.call('winfo', 'ismapped', self._w))
TclError: bad window path name ".190256192"
这是怎么回事呢？我用linux系统能做出来，win系统就出现这种结果，即使autodock4能运行，但分析的时候也会出现一大片错误

作者: xufund 时间: 2015-4-5 21:23
请问在win7下安装MGLTools1.5.6之前，是安装python3.4.3好，还是python2.7.9好？
看python的网上有这两个版本。
现在安装autodock4.2.6确实不需要先安装cygwin了吗？

作者: 未央尊 时间: 2015-4-5 22:19

xufund 发表于 2015-4-5 21:23
请问在win7下安装MGLTools1.5.6之前，是安装python3.4.3好，还是python2.7.9好？
看python的网上有这两个版 ...

不需要cygwin ，python好像2.7.5以上的都可以，

作者: zixun2015 时间: 2015-4-28 16:00
谢谢楼主，热心肠{:soso_e179:}

作者: graper2010 时间: 2015-5-7 07:50
顶谢谢楼主啦

作者: guojia1318 时间: 2015-5-25 18:19
谢谢楼主~

作者: divefish 时间: 2015-6-8 08:36
已下载，灰常感谢：）

作者: xiaoyaoliu 时间: 2015-6-16 10:23
谢谢楼主

作者: alexandershen 时间: 2015-6-23 21:57
新人顶一下啊，话说我就是通过一个autodock教程来到这个论坛的

作者: 秋水若寒 时间: 2015-7-8 13:07

未央尊发表于 2014-7-7 22:12
小分子，你用Chem office 软件画一个就行，主要用其中的chem 3d模块来画小分子 ...

我用DS画，没弄明白。其中六元环是苯环吗？上边红色的键是C=C键？O15和O17是最后的原子还是倒数第二个？

作者: anzhi 时间: 2015-7-8 15:22
谢谢分享，小白顶一下！

作者: 秋水若寒 时间: 2015-7-8 16:49
你好；请问Autodock教程中，ASD分子中F在哪个位置？

作者: huanan234 时间: 2015-8-9 22:08
好东西，多谢啦！

作者: sangdy8 时间: 2015-8-16 17:50
谢谢分享！！

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