清晰的雪 发表于 2013-12-22 21:17:20

新手求教 同源建模后模型评估出错

我用swiss-model自动模式同源建模，之后提交到UCLA DOE的saves检测，结果见图：，图中显示2项不能完成：1.
CRYST1
Unable to complete: An NMR structure.
2
PROCHECK
Job Failed
*** Program tplot terminated with error. See log file:tplot.log *** Program pplot terminated with error. See log file:pplot.log

请教是怎么个意思，咋弄？多谢啦

大工-阿里巴巴 发表于 2015-6-2 12:27:28

qianlang 发表于 2015-5-29 16:34
评估没通过怎么办

关注下没有通过的指标是什么，然后拿个模板结构去对照一下看看，SAVES的评价指标一般偏高，很多晶体结构都未必能通过。如果实在是偏低，可以考虑对模建进行进一步的优化看看

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-23 08:09:16

莫非你提交的是多个结构在一个pdb文件里的？服务器提示你提交的为NMR结构，可能就意味着你的结构文件里不止一个pdb

清晰的雪 发表于 2013-12-23 15:46:08

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-23 08:09 static/image/common/back.gif
莫非你提交的是多个结构在一个pdb文件里的？服务器提示你提交的为NMR结构，可能就意味着你的结构文件里不止 ...

应该不会吧我从swiss结果页面直接下载的，而且用pymol打开后也只看到一个结构

lrx19910312 发表于 2015-4-4 01:34:05

我也遇到跟你一样的问题，请问你解决了吗

qianlang 发表于 2015-5-29 16:34:23

本帖最后由 qianlang 于 2015-6-1 15:33 编辑

评估没通过怎么办

甜甜 发表于 2016-12-8 10:30:13

大工-阿里巴巴 发表于 2015-6-2 12:27
关注下没有通过的指标是什么，然后拿个模板结构去对照一下看看，SAVES的评价指标一般偏高，很多晶体结构 ...

那请问，怎么优化啊，我的模型的整体评分才87
页: [1]
查看完整版本: 新手求教 同源建模后模型评估出错