kaliduomu 发表于 2013-12-1 09:44:47

autodock出现too many torsion跳出

我的autodock运行不到1S跳出，打开dlg文件发现错误原因是too many torsion，最多只能是32个但我那个配体有36个torsion。
求教各位前辈我该怎么合理的解决这个问题？
1.我不知道哪几个扭转是不太重要的（即可以去掉的）；
2.是否可以让软件自动去掉几个不太重要的扭转；
3.通过Ligand → Torsion Tree → Set Number of Torsions… 弹出Set Number of Active Torsions 对话框，来设置可活动的键的数量，将 Number of Active Torsions 设为32,是否合理?

川大-灰太狼 发表于 2013-12-1 11:34:49

你终于找到问题所在了，好好查看下论坛里面的帖子，这种问题可以重新编译autodock后，再执行！

不过对于这种做法，autodock官方认为太多可旋转键太多影响对接结果和打分函数。

kaliduomu 发表于 2013-12-1 20:26:39

啊，只有这一种方法吗，编译对我来说很难.........

川大-灰太狼 发表于 2013-12-1 22:04:34

kaliduomu 发表于 2013-12-1 20:26 static/image/common/back.gif
啊，只有这一种方法吗，编译对我来说很难.........

还有种方法就是把你的配体的柔性建减少到32个以内！

kaliduomu 发表于 2013-12-2 09:58:52

川大-灰太狼 发表于 2013-12-1 22:04 static/image/common/back.gif
还有种方法就是把你的配体的柔性建减少到32个以内！

狼哥，具体减少其中哪几个键，有什么参考标准吗？
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