枫叶苏 发表于 2013-10-17 15:27:52

gromacs中如何加入非标准氨基酸的力场参数

前段时间我想做小分子化合物与蛋白共价结合的蛋白复合物的动力学，发现amber可以做，但我一直在学gromacs，而gromacs关于此方面的东西比较少，最近我突然想到可以把共价结合的小分子化合物当做非标准氨基酸处理，就看了一些网上的一些知识，还是一头雾水。举个例子，如果我想用amber99SB力场在gromacs下跑，那这个非标准氨基酸我应该怎么得到它的力场参数？
我在gromacs官网中看到有关于添加新力场参数的做法，http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field，但这个对我来说太笼统，让我关注的就只有这样一句话，You may need to use an external topology generation tool and adapt the results to the .rtp format. 这句话的意思是不是，举个例子，我可用GAFF力场写出这个非标准氨基酸的top文件，然后根据你想要得到的amber99SB力场参数形式修改前面得到的原子类型等参数，最后按照amber99SB力场的参数格式paste到力场文件中就可以了？

请到家指教。主要是想以上面的例子表示应该怎么添加非标准氨基酸的力场参数，不限于上面所说。

海洋 发表于 2013-10-18 21:57:20

我正好最近在做一个这样的蛋白，先在Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，再将itp文件按照aminoacid.rtp改写即可！

枫叶苏 发表于 2013-10-21 08:40:26

海洋 发表于 2013-10-18 21:57 static/image/common/back.gif
我正好最近在做一个这样的蛋白，先在Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，再将itp文件按照aminoacid.rtp改 ...

能加qq私聊一下细节吗？331594983

zhangmao511 发表于 2014-5-20 15:06:03

我也正好碰到这个问题，我也想知道如何改写啊？？

未央尊 发表于 2014-5-20 15:21:04

protein-ligand complex 复合物教程http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/02_topology.html

未央尊 发表于 2014-5-20 15:24:07

海洋 发表于 2013-10-18 21:57 static/image/common/back.gif
我正好最近在做一个这样的蛋白，先在Prodrg中生成非标准氨基酸的itp文件，再将itp文件按照aminoacid.rtp改 ...

海洋师兄，是不是先获取非标准氨基酸的坐标，然后prodrg处理，再把处理后的添加到相应的位置？

海洋 发表于 2014-5-24 11:00:46

未央尊 发表于 2014-5-20 15:24 static/image/common/back.gif
海洋师兄，是不是先获取非标准氨基酸的坐标，然后prodrg处理，再把处理后的添加到相应的位置？ ...

将非标准氨基酸立场文件写好后，即可
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