批量统计配体和受体氢键的信息
背景：在虚拟筛选完以后，我们需要分析配体和受体的相互作用情况
在这些相互作用中，氢键的相互作用又显得尤为重要
记录配体的每个构象和受体的氢键情况
那个氨基酸残基上的那个原子和配体中那个原子形成氢键，距离是多少
目前没有统计角度，因为我好像在哪里看到过对接过程中H原子是动态的
方法：
recordHbondbatch.sh
要求是linux系统
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#!/bin/sh
#function: list theh bond interaction between receptor and ligand
#author: chen zhaoqiang
#contact: 744891290@qq.com
#usage: ./recordHbondbatch.sh -liganddir xxx -receptor xxx.pdb -output hbondlog
#usage: ./recordHbondbatct.sh >>hbondlog
#some environment variable should be set,for example recordHbond.py
#system : linux
if [ $# -lt 6 ];then
echo "#usage: ./recordHbondbatch.sh -liganddir xxx -receptor xxx.pdb -output hbondlog"
ligdir="ligand"
receptor="4hbk17_nadp_loop_prep_refine.pdb"
output="hbondlog"
else
ligdir=$2
receptor=$4
output=$6
fi
##traverse files ligdir
current=$(pwd)
#echo $current
#absolute path is very useful
tempath=$current"/ligand/tempp"
outputpath=$current"/tempp"
scriptpath=$current"/recordHbond.py"
receptorpath=$current"/"$receptor
ligdirpath=$current"/"$ligdir
cd $ligdirpath
if [ -d tempp ];then
rm -fr tempp
fi
for file in $(ls );
do
#echo $file
if [ -d tempp ];then
rm -fr tempp
mkdir tempp
else
mkdir tempp
fi
cd $tempath
#pwd
#echo $file
cp ../$file ./
splitpdbs.pl -f $file
rm $file
for conformation in $( ls) ;
do
cp $receptorpath ./
echo "$conformation $receptor"
recordHbond.py -- $conformation $receptor
rm $receptor
done
cd ..
done
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强啊，试试先，:):(
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