数据挖掘 发表于 2013-9-23 19:04:01

MODELLER--多模板的同源模建

Modeller 进阶教程基于多模板的同源模建所用的数据在multimodel.zip在操作过程中遇到问题可以联系我：744891290@qq.com背景：在基础教程中，我们利用1bdmA进行模建蛋白TvLDH,而1bdmA有一段loop区域（resi93-100）是缺失的，而这段区域对功能来讲很重要。构建出来的模型，在这段区域dope打分很高。所以是不合理的，需要进行优化。
步骤：Step1：寻找合适的模版在官网教程中是利用结构聚类的方法，找到1bdm的家族（2mdh:A,2mdh:B. 1b8p:Aand 1bdm:A).）2mdh已经out了，被淘汰了，目前是4mdh取代2mdh。也就是说官方的教程需要更新，2mdh和4mdh的序列是完全不一样的。也就是2mdh可能测序错误。对他们进行结构序列的初步比对（salign.py）；建议在比对之前先在pymol中align观察下。？？？为什么不选用基础教程中分析的模板（1b8p:A   7mdh:A1bdm）知道答案的，请联系我.从pymol的align来看的话我觉得7mdh要好一点，所以下面的操作我选用7mdhStep2多模板的初步序列3d比对salign.py得到fm00495.papfm00495.aliStep3序列比对2d3个模板的序列和要建立模型的序列进行比对align2d_mult.py把fm00495中的比对结果作为一个整体进行调整，同时插入空格Step4基于多模板建立模型models2mode.pyStep5评价产生的模型生成DOPE信息anly_dope.py，Input:xxx.pdbOut:xxx.profile第一字段是氨基酸的序号，第42个字段是氨基酸的dope值利用awk命令将其提取出来。   awk‘{print$1 “”$42}’ xxx.profile >doep.score然后作图分析。

参考http://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html

robert2005 发表于 2013-12-26 18:05:39

请问，利用同源模建方法如何构建出来一个四聚体啊？比如钾离子通道之类的，用在线工具模件出来都是一条链啊？如何一次得到四条链的模型啊？

大工-阿里巴巴 发表于 2013-12-26 19:09:31

robert2005 发表于 2013-12-26 18:05 static/image/common/back.gif
请问，利用同源模建方法如何构建出来一个四聚体啊？比如钾离子通道之类的，用在线工具模件出来都是一条链啊 ...

MODELLER和YASARA都可以做

robert2005 发表于 2013-12-26 19:30:02

我用ds和在线工具都试过 了，只有一条链啊，而且还不全，有很多部分没有构建出来，主要是模板就比较少
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