pesticide_ccnu 发表于 2013-9-14 11:27:01

巧用MOE修改蛋白质子化状态和残基名称

       在进行动力学的时候，氨基酸残基根据所处的环境不同，可能会产生不同的质子化状态（参见前面墨的帖子http://www.bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=388），是一个很值得关注的小细节，这是因为，氨基酸残基的质子化状态会显著影响残基之间的相互作用，出入活性空腔的残基的质子化状态还会影响蛋白-配体的结合作用。
       对于amber动力学中这些残基的处理，存在两个问题。其一，如何判断质子化状态。其二，如何修改蛋白残基以使之能够被amber所识别。对于第一个问题，pdb2pqr这个在线服务器得到的pqr文件和MOE的protonize3D（最好使用amber99立场）的功能都能提供参照（当然这两种方法结果会有差异）。但是如果将这些优化的结构简单存为pdb，你会发现其实虽然都完成了正确加氢但是残基的名称并没有改过来（从标准到非标准，比如HIS的两个N上都带H了但是还是没有将残基名称改为HIP）不能被amber识别，这个时候MOE的save选项就发挥作用了。可以通过选择pdb的保存类型来生成可以被tleap识别的残基类型和可以被leap接受的H。


         测试发现，通过MOE保存的结构可以完全被tleap识别。当然这里提醒一下：
      活性空腔残基的质子化态最好check一下，最好根据自己的背景知识加以调整，不可盲目崇拜程序。


j加速度123 发表于 2017-3-16 22:18:32

我在模拟恒定PH值（8.5）的蛋白结构变化，参照AMBER里的教程，改了GLU,ASP,HIS残基，到了能量最小化的时候，命令mpiexec sander.MPI -n 4 -O -i min.mdin -p com.parm7 -c com.rst7 -o com.min.mdout -r com.min.rst7 -ref com.rst7 -cpin com.cpin出现了At line 173 of file constantph.F90 (unit = 18, file = 'com.cpin'，Fortran runtime error: Cannot match namelist object name 'residue的问题，我该怎么修改呢？

j加速度123 发表于 2017-3-16 22:12:42

请问下在模拟不同PH值下的氨基酸质子化情况，比如PH值为8.5，那酸性氨基酸名称需要改变吗？把GLU 改成GL4，ASP 改成AS4对吗？LYS,ARG,TYR需要改吗？

北京-构效 发表于 2013-9-16 10:36:47

很不错 解决了一个问题

华夏龙哥 发表于 2013-9-16 11:43:45

感谢分享心得

墨竹晓风 发表于 2013-9-28 13:11:50

不错

璐璐 发表于 2013-10-24 10:27:41

怎么将HIE全部转换为HIS啊，也可以用MOE吗

pesticide_ccnu 发表于 2013-10-24 15:33:32

璐璐 发表于 2013-10-24 10:27 static/image/common/back.gif
怎么将HIE全部转换为HIS啊，也可以用MOE吗

HIS是pdb数据库默认的吧 tleap也会默认把HIS处理为HIE 你可以尝试直接将HIE替换为HIS 如果能够被软件识别 就算成功 （不明白你怎么会遇到这个问题）

璐璐 发表于 2013-10-24 16:32:30

pesticide_ccnu 发表于 2013-10-24 15:33 static/image/common/back.gif
HIS是pdb数据库默认的吧 tleap也会默认把HIS处理为HIE 你可以尝试直接将HIE替换为HIS 如果能够被软件识别 ...

amber 中HIS质子化默认的HIE，我的pdb结构残基缺失，添加过之后，在amber下面优化，跑MD，最终取出来的最低能量结构的HIS都是质子化的HIE，这个在Autodock的对接中没法添加极性氢。或者是不是这样也行啊，那些氢都不去掉，在这种情况下添加kollman charges，然后合并非极性氢也可以啊？

璐璐 发表于 2013-10-24 16:32:48

pesticide_ccnu 发表于 2013-10-24 15:33 static/image/common/back.gif
HIS是pdb数据库默认的吧 tleap也会默认把HIS处理为HIE 你可以尝试直接将HIE替换为HIS 如果能够被软件识别 ...

amber 中HIS质子化默认的HIE，我的pdb结构残基缺失，添加过之后，在amber下面优化，跑MD，最终取出来的最低能量结构的HIS都是质子化的HIE，这个在Autodock的对接中没法添加极性氢。或者是不是这样也行啊，那些氢都不去掉，在这种情况下添加kollman charges，然后合并非极性氢也可以啊？

pesticide_ccnu 发表于 2013-10-25 09:37:55

璐璐 发表于 2013-10-24 16:32 static/image/common/back.gif
amber 中HIS质子化默认的HIE，我的pdb结构残基缺失，添加过之后，在amber下面优化，跑MD，最终取出来的最 ...

结构缺失那一块如果不是活性空腔区域的话可以直接删掉这些氨基酸 如果缺失部分重要的话 你可以尝试删掉H之后用文版编辑器将HIE替换为HIS，然后再加氢

璐璐 发表于 2013-10-25 10:50:28

pesticide_ccnu 发表于 2013-10-25 09:37 static/image/common/back.gif
结构缺失那一块如果不是活性空腔区域的话可以直接删掉这些氨基酸 如果缺失部分重要的话 你可以尝试删掉H ...

这个不能直接改的吧，照这个方法我改过后也不行 :(，我再试试其他方法看看
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