gromacs构建非极性体系
本帖是参考Gromacs官方的tutor-构建两相体系。在构建你的有机溶剂盒子前，你得首先准备好你的有机分子.gro和.top文件。gro文件可以通过常见的作图工具chemdraw等画出来，top文件可以通过PRODRG在线工具解决。然后把这两个文件放在你得工作目录下面1，构建你有机盒子命令：genbox -ci chem_.gro -nmol 500 -box a b c -o chem_box.gro
上面的分子的数目是我随便写的，对于盒子的大小要根据你的体系大小决定，但是在自己不确定的情况下可以多做几次，因此-o一般推荐输出.pdb文件这样可以你便于观察盒子的大小。
2把蛋白放入上面的盒子中
（1）命令：editconf -f peptide.gro -o peptide_newbox.gro -box a b c-center a/2 b/2 c/2(最好先用pdb2gmx处理好你的蛋白在做这一步）
（2）命令：genbox -cp peptide_newbox.gro -cs chem_box.gro -o peptide_chem.gro
命令（1）中的-center 可以用来把你的蛋白摆放在盒子的任意你想要的地方，最后如果你觉得盒子小了，可以考虑延长盒子：命令：genconf -f chem_box.gro -nbox 2 2 2 -o chem_bigbox.gro。但是我觉得没必要，因为我们我们在模拟的过程中会考虑周期性边界条件。好了到了这一步我们的体系就做完啦，可以开跑啦！！！
通常在研究蛋白构象变化时，不会需要这种体系，因为我们的蛋白要不就在细胞质中（水体系就ok啦）其次就是膜蛋白（当然首先你的构建细胞膜，然后把蛋白放入膜中），但是当我们研究蛋白折叠时，有时就必须非极性环境才行，这时你就的构建有机溶剂盒子
第一次发帖，不足的地方求纠正，大家相互学习
你好，问一下，在加入dmso分子过2000的时候，就会显示内存不足，有什么办法吗？
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