数据挖掘 发表于 2013-8-12 21:42:27

autodock 虚拟筛选之配体的准备


一下都是自己的想法，不一定正确。
写这个帖子目的就是交流，并希望能得到大家的帮助。

所谓虚拟筛选就是批量处理，就是循环语句。

我们的数据库中一般都是2维的小分子。

首先可以通过maestro中的ligprep模块产生3D的小分子库，保存为sdf。
然后在pymol另存为pdb格式。
然后对小分子
1去掉所有的H,加上极性H -----------------？？
2然后加上gas电荷
3然后设置root 和可旋转键

这样就处理好了。
这3步不知道大家是怎么做的。

明天我再探索下，把我的做法补上来。

数据挖掘 发表于 2013-8-12 22:15:53

D:\1happy_docking\MGL\Lib\site-packages\AutoDockTools\Utilities24

数据挖掘 发表于 2013-8-12 22:22:08

D:\1happy_docking\MGL\Lib\site-packages\AutoDockTools\Utilities24

所有工具脚本都在这里

数据挖掘 发表于 2013-8-13 11:02:53

http://autodock.scripps.edu/faqs-help/how-to/how-to-prepare-a-ligand-file-for-autodock4/?searchterm=pdb%20to%20pdbqt

川大-灰太狼 发表于 2013-8-17 16:35:03

mol2 格式的分子都可以用autodock自带的python准备为qdbqt格式。
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