求教DS2.5中Prepare Protein的问题
看help中，Prepare Protein步骤如下：The protocol executes the following steps, some of which can be controlled by parameters:
[*]Clean the protein
[*]Optimize side-chain conformation for residues with inserted atoms
[*]Remove water molecules (optional)
[*]Break bonds between metal and protein atoms (optional)
[*]Model missing loop regions based on SEQRES information or by user-definition (optional)
[*]Predict titration site pKs and protonate the structure at the specified pH (optional)
可《Discovery_studio_2011-_暑期培训班教材.pdf》中只是Clean protein了一下，没有再往下做。
在《Discovery Studio _Part1-5_.pdf》连Clean protein都没做，只是点击选择下拉菜单Chemistry | Hydrogens | Add Polar 给蛋白添加极性氢。
两种方法都没往下做第二步，为啥？
我做了第二步，在Side-Chain Refinement 时，在Parameters Explorer为啥把所有残基都自动选中了？算的时间超长。
不明白第二步到底用不用？
谢谢，我是一点经验都没有，感谢回帖 ”with inserted atoms“看这一句！ 优化侧链只是在pdb结构中有缺失不完整时你添加了一部分氨基酸的结构时用来优化一下侧链的结构而已，视情况决定是否采用这一步，主要还得看你准备蛋白的目的是做什么，是做对接还是动力学。 楼上是否可以简单说说对接时，蛋白准备的步骤？
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