多个结合位点，如何选择
本帖最后由 浙医-中药筛选 于 2013-7-18 15:25 编辑各位大侠：
前几天用PharmMapper做了下反向分子对接，预测小分子丹参素的潜在靶蛋白，筛选出 Hexokiinase -1 (1CZA).
这两天准备做丹参素与Hexokinase -1的对接，这才发现 Hexokinase -1 (1CZA)存在3个位点，分别是跟glucose, glucose-6-phosphate, 和 ADP结合。这三个配体应该都是内源性的，不是外源性配体，PDB上分别有结合。
具体请看链接： http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1CZA
我同样查了下该蛋白其他的PDB文件，位点都一致。 我个人的看法，既然这几个位点能与内源性结合，应该是首选。我现在的问题是，我选用外源性药物作为配体，该选用哪个结合位点？难道全做吗？（最主要我没查到外源性配体的相关文献）
非常感谢！
我大致看了下你的靶蛋白，的确结构解析的不多，并且配体也不多。还好你的这个是个Kinase，通常抑制剂会结合在ATP位点，产生竞争性抑制，从而阻断蛋白的能量来源。因此，你可以选择有ADP分子的位置作为抑制作用的活性位点。
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