mshappy 发表于 2013-6-17 15:03:29

random expulsion molecular Dynamics/Random Acceleration Molecular Dynamics

有没有哪位大神用amber或者gromacs做过Random Acceleration Molecular Dynamics/random expulsion molecular Dynamics的，具体的怎么操作，怎么来进行计算，求明白的大神指导，谢谢！

夏夜晚风 发表于 2013-10-27 19:28:36

amber8可以做。我一般用NAMD做比较简单。需要的话联系我

shellin 发表于 2014-12-22 10:05:31

楼主请教你一个RAMD的问题，在ramd的结果里，小分子从蛋白活性口袋出来时，出来的方向周围的蛋白质构象变化挺大的，比如说小分子出来时碰到了一个loop阻挡它，它就把loop抑制推出去，推到loop下出现一个足够大的开口然后才出去。这样子是正常还是不正常的呢？

jinhanyong 发表于 2015-5-21 10:52:36

夏夜晚风 发表于 2013-10-27 19:28
amber8可以做。我一般用NAMD做比较简单。需要的话联系我

你好，我最近也在用NAMD做RAMD，但是对于具体如何全面的分析结果不是太了解。如果方便的话麻烦您留下qq，或者可以的话加我qq：1203214125:)
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