longdlut 发表于 2013-5-26 21:02:21

ligplus怎么分析autodock对接的结果？

autodock对接之后产生的结果，直接保存成pdb文件后，为什么ligplus不能顺利运行呢？出现了图片中错误
1：autodock对接之后直接保存成pdb文件，是不是不合适呢？
2：Ligplus不识别什么样的pdb文件啊？autodock对接 后 怎么保存成ligplus识别的pdb文件呢、。

白紫菜 发表于 2013-5-31 10:01:30

本帖最后由 白紫菜 于 2013-5-31 10:06 编辑

1、autodock保存后的文件是可以在ligplus中打开的
2、ligplus一般识别含有配体的晶体结构；而autodock保存后的文件，需要用notepad或者写字板打开，将TER行后面的各行中氨基酸残基位置用数字代替就能打开。例如将http://www.bioms.org/forum.php?mod=image&aid=671&size=300x300&key=1c29e23d8151c714&nocache=yes&type=fixnone改成http://www.bioms.org/forum.php?mod=image&aid=673&size=300x300&key=79e7b2d9e943080c&nocache=yes&type=fixnone

bioqiuqiu123 发表于 2016-11-21 19:33:58

这个数字应该怎么确定呢，我试了试，如果数字不对，配体的位置会改变，ligplot就会完全不识别这个文件了
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