mshappy 发表于 2013-5-22 17:13:16

PyRx做虚拟筛选问题

用PyRx做虚拟筛选，选着autodock wizard, 选1000个小分子，然后选择大分子的信息，点forward之后出现如下提示不能继续了：
Traceback (most recent call last):
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyRx/selectMolecules.py", line 151, in Next
    self.CheckAtomTypes()
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyRx/selectMolecules.py", line 169, in CheckAtomTypes
    self.tree.SelectItem(self.frame.autodockNav.autodockTree.ligandTree.treeDict, False)
AttributeError: 'SelectMoleculesPage' object has no attribute 'tree'
请教这是什么意思，怎么解决，谢谢！

川大-灰太狼 发表于 2013-5-22 22:25:25

Autodock 安装了吗？Python安装了吗？

mshappy 发表于 2013-5-23 12:35:49

川大-灰太狼 发表于 2013-5-22 22:25 static/image/common/back.gif
Autodock 安装了吗？Python安装了吗？

安装了啊，autodock4.2, MGLTools都安装了，python也安装了，PyRx也安装了能打开图形界面，就是不知道为啥一读入小分子就出错，如果读取更多的话也会报错，怎么解决，谢谢你！

川大-灰太狼 发表于 2013-5-23 13:50:20

Pyrx的设置你做了吗？

mshappy 发表于 2013-5-23 14:13:38

川大-灰太狼 发表于 2013-5-23 13:50 static/image/common/back.gif
Pyrx的设置你做了吗？

设置了，我的是linux系统下的，我把autodock4和autogrid4都放到了usr/bin下边。如果我选择的小分子比较多的话会出现下面的提示：
Traceback (most recent call last):
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyRx/selectMolecules.py", line 150, in Next
    self.frame.vsModel.CreateMolDict()
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyRx/vsModel.py", line 316, in CreateMolDict
    self.PrepareLigandFile(ligand)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyRx/vsModel.py", line 259, in PrepareLigandFile
    LPO = AD4LigandPreparation(mol, outputfilename=outputfilename)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 1004, in __init__
    detect_bonds_between_cycles=detect_bonds_between_cycles)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 754, in __init__
    delete_single_nonstd_residues=False)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 123, in __init__
    self.repairMol(mol, self.repair_type_list)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 178, in repairMol
    self.newHs = self.addHydrogens(mol)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 186, in addHydrogens
    HB.addHydrogens(mol)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/MolKit/hydrogenBuilder.py", line 81, in addHydrogens
    hat = AddHydrogens().addHydrogens(mol.allAtoms, method=self.method)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyBabel/addh.py", line 92, in addHydrogens
    Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyBabel/addh.py", line 156, in place_hydrogens1
    Hat = Hat + self.add_vinyl_hydrogens(a ,SP2_C_H_DIST)
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/site-packages/PyBabel/addh.py", line 444, in add_vinyl_hydrogens
    c3 = c2.bonds.atom1
File "/public/soft/PyRx/lib/python2.5/UserList.py", line 28, in __getitem__
    def __getitem__(self, i): return self.data
IndexError: list index out of range
这是什么原因，然后就没法往下进行了，谢谢你。

mshappy 发表于 2013-5-23 14:25:45

用PyRx来做虚拟筛选的话，一次最多可以选择多少个小分子来计算？我选择300个小分子就可以，在多选的话就出现如上的提示，谢谢你的帮助

川大-灰太狼 发表于 2013-5-25 20:19:12

我没有用pyrx做这样的筛选，AD筛选我直接使用的脚本，没有出错过。

flacon 发表于 2013-8-22 23:25:07

請問一下:

我設置autogrid&autodock時,PYRX目錄裡沒有看到autogrid.exe&autodock.exe

還是說那是仄己解壓縮之後才放進去的?

川大-灰太狼 发表于 2013-8-23 09:10:50

flacon 发表于 2013-8-22 23:25 static/image/common/back.gif
請問一下:

我設置autogrid&autodock時,PYRX目錄裡沒有看到autogrid.exe&autodock.exe


如果你的系统是linux，Pyrx 的autogrid 和autodock 默认放的路径为PyRx-0.9/bin 里面的。如果是xp 你就找找安装目录里面，在pyrx软件里面可以自己设置这两个程序的存放路径！

PS：欢迎台湾的朋友和我们一起学习讨论！

flacon 发表于 2013-8-26 17:15:31

川大-灰太狼 发表于 2013-8-23 09:10 static/image/common/back.gif
如果你的系统是linux，Pyrx 的autogrid 和autodock 默认放的路径为PyRx-0.9/bin 里面的。如果是xp 你就找 ...

謝謝您喔~^^
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