Babyblue 发表于 2012-10-24 13:40:41

如何计算二级结构随模拟时间的变化及各成分的比例

二级结构是蛋白的基本结构单元，很多模拟计算都会牵涉到二级结构的计算，尤其是蛋白的折叠、构象大变化等等。现在处理二级结构的软件也比较多，如amber、GMX、vmd等等，但这些软件的计算果赋予的形式不同，下面我逐个来说：

关于AMBER：
amber里面有个sestrcuture 命令，可以计算二级结构随模拟时间的变化，输出形式是文本格式和二级结构比例，想知道二级结构比例的很容易得到，但是二级结构随时间变化的图，需要自己惊醒数据处理。具体来书就是把二级结构标示符转化成数字，数字再用不同的颜色来填充，这里面可能需要做个2位矩阵的转化，很多专业绘图软件里都可以实现，也可以自己写程序来实现转换，转换后就可以做填充图，调整图例就可以得到很好看的图了~~

关于GMX：
GMX里面实现二级结构计算也比较简单，都是集成好的脚本来实现，do_dssp,GMX提供了接口。调用第三方插件（dssp）来计算，结果输出一个XPM格式的图文件，可用用XPM2PS来转化成eps文件，再用PS打开处理一下，很容易得到很好看的图，关于图中每个二级结构的占的比例，可以用文本软件打开XPM格式的图文件，按照二级结构的标示符来统计出每个二级结构所占的比例，这样就可以做出来一张表，很多文献都以图和表形式来说明一些问题~~

关于VMD：
VMD里面有个timeline的插件，可以做出来二级结构随模拟时间变化的图，具体的比例没有给出，做出来的图也不是很好看，勉强可以玩玩，这里不多说了~~呵呵~~

zhangyforever 发表于 2012-10-24 13:49:18

受教了~~~正需要

川大-灰太狼 发表于 2012-10-30 11:43:46

非常感谢领兄的无私分享！{:soso_e179:}

cuiyoutian 发表于 2012-12-3 21:43:50

发现那个timeline，算帧数多的时候，总是卡死。

tobeant 发表于 2012-12-24 13:44:46

VMD中不要用timeline，自己手动写tcl脚本，得到数据之后再画图。

逍遥的猫科动物 发表于 2015-3-26 10:46:40

说的不具体

j加速度123 发表于 2017-5-23 17:14:13

请问下用amber里面有个sestrcuture 命令生成了有关二级结构含量的文件后，怎么操作得到二级结构随时间变化的图呢？
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