l732114684 发表于 2013-4-6 10:56:24

AMBER 跑出水盒 固定分子中心参数

本人用Pmemd做分子动力学模拟，可能是起初in文件并未设置固定蛋白中心参数的原因，在随后跑的过程中蛋白分子的部分区域跑出水盒。由于周期边界条件设置跑出水盒的部分又从另一侧出现，因此在对C@进行RMSD分析的图谱出簇升簇降现象，翻看Amber Tool说明发现RMSD分析有将蛋白固定中心的center语句，所以重新对轨迹进行RMSD分析时在导入轨迹后特意加上了：
center @CA mass origin
image origin center
两句但是RMSD分析数值和未加以上两句并未发生变化，图谱依旧出簇升簇降。请问是我的center语句相关参数设置不太恰当仍可通过分析时加上固定中心的语句弥补轨迹的缺陷，还是这条轨迹就直接不能用了需要重新跑？如果重新跑设置什么语句可以在MD过程中不跑出边界？
谢谢！

fenzimoni 发表于 2013-10-16 09:50:59

你好！！我也遇到了同样的问题！在in文件里面加了参数iwrap=1，最终由于周期边界条件设置跑出水盒的部分又从另一侧出现，通过对轨迹imag后，进行RMSD分析，发现部分RMSD很大，你最后怎么解决的？？跑一段动力学不容易啊！

夏夜晚风 发表于 2013-10-27 19:16:50

应该不是这个原因吧。ptraj计算RMSD的时候，是自动reimage的，
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