使用MolAICal软件计算Potential of Mean Force（PMF）
本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-2 23:45 编辑使用MolAICal软件计算Potentialof Mean Force（PMF）
更多教程（含英文教程）请见如下：MolAICal官方主页：https://molaical.github.ioMolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.htmlMolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1.介绍Potential ofMean Force（PMF）可用于描述自由能级图（free energy landscape）。沿坐标的PMF是根据平均分布函数计算的，公式如下：∆G=-kB*T*lnρ(x,y)其中T是温度、kB是玻尔兹曼常数。 x和y代表两个主成分。 在本教程中，本示例选择了胰高血糖素受体（GCGR）的分子动力学（MD）模拟结果(Front Chem. 2019 Dec 17;7:851) .
2. 材料2.1. 所需软件1) MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 示例文件1) 所有必需的教程文件均可从以下网址下载: https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/007-PMF
3. 步骤3.1. 用MolAICal 软件绘制自由能级图#> cd 007-PMF打开“ rmsd-dis.dat”，第一列是RMSD值，第二列是距离。 您也可以使用指定的主成份替换这些数据。然后，运行命令：#> molaical.exe -pmf -i rmsd-dis.dat绘制的结果如图1所示
图1. PMF轮廓
运行如下命令， 将以其他形状绘制图形（参见图2）。 #> molaical.exe -pmf -i D:/pmf/rmsd-dis.dat -g 20 -l 10 -m conshd -b none -x "RMSD" -y "Distance"图2. PMF轮廓
3.2. 高级教程该部分使用OriginLab软件画出更优美的图片。如果您对此部分不感兴趣，可以跳过。 可以从以下位置下载OriginLab的演示版本：https://www.originlab.com.运行如下命令:#> molaical.exe -pmf -i rmsd-dis.dat > plot.dat 其中，“plot.dat” 文件可用于再现自由能全景图。
1) 导入 “plot.dat” (见图3)图3. 导入数据
2) 双击选定的列C（Y），并将C（Y）更改为Z（参见图4）
图4. 设置绘图参数
3)选择所有数据列并绘制轮廓（参见图5）图5. 绘制轮廓
4)可能显示“Speed Mode is On”。 您可以双击轮廓，单击“ Layer1”，选择“ Size /Speed”，然后取消图6红色框中的选项。如果不想取消“ Speed Mode”，可以跳过此步骤。 图6. 取消“Speed Mode”
5) 如果要在轮廓线上显示数值，可以在轮廓上双击鼠标并选择红框中的labels选项，如图7所示。图 7. 绘制轮廓
参考文献 1. Bai Q, Tan S, Perez-Sanchez H et al.Conformation Transition of Intracellular Part of Glucagon Receptor in ComplexWith Agonist Glucagon by Conventional and Accelerated Molecular DynamicsSimulations, Front Chem 2019;7:851.
https://doi.org/10.3389/fchem.2019.00851
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