使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程
本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-7 17:33 编辑使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程
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1.简介在本教程中介绍了基于NAMD的分子动力学模拟结果，使用MolAICal计算小分子和Mpro蛋白受体MM/GBSA的方法。本教程只是一个简单演示。为了节省运行及存储空间，本教程仅选择了Mpro复合物分子动力学模拟的25帧用于计算。
2.工具2.1. 所需软件下载地址1)MolAICal : https://molaical.github.io 2)NAMD: https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 2.2. 操作示例文件所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载：https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/004-MMGBSA
3.操作流程转到以下目录：#>cd 004-MMGBSA
3.1. 提取蛋白与配体复合物的轨迹文件#> vmd -dispdev text -psf "mpro.psf" -e stripDCD.vmd -args protein,or,resname,LIG "mpro.dcd""complex" mpro.psf mpro.pdb -args: 其用法类似VMD软件中的“atomselect”命令，比如"atomselect top protein orresname LIG"，此处逗号"," 代表空格。执行上述命令后生成complex.psf,complex.pdb 和 complex.dcd文件。将“GBIS” 和“sasa”参数设置为on。打开并按照下文内容修改“complex.conf”文件：--------------------------------------------------------------------------structure complex.psfcoordinates complex.pdboutputName complex paraTypeCharmm onparameters par_all36_prot.prmparameters par_all36_cgenff.prmparameters ligand.strparameters toppar_water_ions.str coorfileopen dcd complex.dcd--------------------------------------------------------------------------本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下：#> namd2 +p3 complex.conf >& complex.log & 其中符号“&”代表程序在Linux系统中进行后台运行，如果你使用的是Windows操作系统，请不要用“&”，例如，命令换成这样：#> namd2 +p3 complex.conf > complex.log
3.2. 仅提取蛋白的轨迹文件：#> vmd -dispdev text -psf "mpro.psf" -e stripDCD.vmd -args protein "mpro.dcd" "protein" mpro.psf mpro.pdb 上述命令会生成 protein.psf,protein.pdb和protein.dcd。打开“protein.conf”，参考 “complex.conf”修改相关参数。 本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下：#> namd2 +p3 protein.conf >& protein.log &
3.3. 仅提取配体的轨迹文件：#> vmd -dispdev text -psf "mpro.psf" -e stripDCD.vmd -args resname,LIG "mpro.dcd" "ligand" mpro.psf mpro.pdb 上述命令会生成 ligand.psf,ligand.pdb和ligand.dcd。打开“ligand.conf”，参考 “complex.conf”修改相关参数。 本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下：#> namd2 +p3 ligand.conf >& ligand.log &
4. 用MolAICal计算MM/GBSA#> molaical.exe -mmgbsa -c complex.log -r protein.log -l ligand.log 输出结果中给出下文所示的结合自由能△G：--------------------------------------------------------------------------deltaE(internal): -4.0000007572871255E-6deltaE(electrostatic) + deltaG(sol): 7.702936000001536deltaE(VDW) + deltaG(sol): -44.43611599999989delta G binding: -36.73318399999911--------------------------------------------------------------------------
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