新人学autodock4,遇到一些问题，求指教！！！
各位论坛的大牛们，你们好！最近在学autodock4，按着网上的详细教程能够较为顺利的学了一遍autodock4，但是也遇到一些棘手的问题，还望大家给与解答。 虽然按着教程来了一遍，但是都不知道为什么要进行这一些操作，同时后来我拿我研究的蛋白结构（PDB下载的）测试了一下对接的的准确性（将晶体结构中的配体分离出来，用autodock4重新对接），并不能对接到他原始的位置上，在此我列出了一下可能性以及对一些操作的疑惑，希望能得到大家的解答。1.受体处理：文献报道目标蛋白活性口袋处有四个水分子参与了配体及残基间的互作，所以我留下这四个水分子，其余的用pymol去除了。这个对对接结果会有影响吗（看教程都是把所有水分子都去除了）？另外，我用这个受体继续筛选其他化合物时候，这四个水有必要再留下来吗？
2.配体处理：对配体的处理最为疑惑，教程中一系列的Torsion Tree操作意图是什么？尤其是rotatable bone要怎么处理？我观察了一下我研究的蛋白与原始配体的对接结果，发现该配体和原始的位置差距了一点点，并且有点扭转了（图中所示，其中绿色为原配体再活性腔的位置，黄色是配体对接结果）？那么请问我这个配体是否需要让他变得柔性呢（我看教程有个柔性对接，而我做的是刚性对接）？还有一点，以后我自己画小分子做对接时候，是不是要能量最小化？通过chemo3D可以吗？
3.关于刚性/柔性对接：我有个蛋白，他在接受配体时候会发生构想变化，使他的其中三个α螺旋像盖子一样扣住活性腔，把配体包裹住。这样的话，我拿这个蛋白做其他化合物的对接时候，这三个α螺旋盖子需要去除掉再进行对接吗？因为蛋白结构是封闭的将口袋盖住了，不去除的话，其他化合物能够对接到活性腔吗？同时，这样的话，是不是需要用柔性对接？
以上是我的问题，刚接触这个东西，可能问的比较蠢，还望大家见谅，希望能够得到回答，谢谢大家的时间！
1、如果蛋白中活性区域有水分子与配体会发生互作，是可以留下的，一般情况是全部删除水分子，特殊情况或者有文献提出了也是可以参考的。
2、自己画的小分子一般都要先进行能量最小化，使用chem3D画的小分子可以采用软件自带的软件进行。教程写的柔性对接和刚性对接是针对蛋白，小分子没有特定设置都属于柔性，Torsion Tree有查看可旋转的键，可固定可旋转的键，没特殊要求都是默认按照教程操作的。其实每次同样操作结果都会有少许不同，毕竟都只是模拟，并非精确，结合能好像不怎么差。
3、蛋白柔性好像也只是某些键可旋转的吧，具体我也没了解，不太清楚，对接只是模拟，不像实际情况发生动态变化，这些应该再对接时候不用考虑吧。
目前能回答的就是这么多，不是专业的，希望能帮上。 求回复啊！！！ 自顶！！！！ 求大神给点指导 ...大神呢 您好，我也是新人，实验室也是只有我自己打算做这个分子对接，目前软件的安装上都出现了问题，希望能够得到您的指导，帮我看下是哪里装的不对。 想发文章 发表于 2019-4-25 09:27
您好，我也是新人，实验室也是只有我自己打算做这个分子对接，目前软件的安装上都出现了问题，希望能够得到 ...
同问，新人小白初学软件
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