guojie0087 发表于 2013-3-15 09:15:11

AutoDock能否做蛋白与离子之间的对接？

各位大侠，小女子最近困扰于金属离子与蛋白的对接这方面的问题，请求那位大侠能指点一二。
我是学分析的，研究蛋白与金属离子的相互作用，最近有学习AutoDock软件，但是只能做出蛋白与小分子的对接。我想问问，AutoDock是不是不能做离子与蛋白的对接？如果可以，离子需要怎样的处理？还有木有其他软件处理离子与蛋白？
谢谢各位，如若解答，感激不敬。。。

川大-灰太狼 发表于 2013-3-15 09:29:58

如果是含金属离子蛋白酶的与配体小分子可以对接，阿里巴巴写的教程：http://bioms.org/thread-381-1-2.html

单个离子与蛋白对接视乎不太可取，你可以试着使用分子动力学软件 Gromacs， Desmond，NAMD（三者学术免费），Amber（商业）来做。

guojie0087 发表于 2013-3-15 11:39:23

灰常灰常感谢，老师指令不得不从，我先看看那几个软件，学习一下，谢谢你啦，亲！

guojie0087 发表于 2013-3-16 09:56:41

川大-灰太狼 发表于 2013-3-15 09:29 static/image/common/back.gif
如果是含金属离子蛋白酶的与配体小分子可以对接，阿里巴巴写的教程：http://bioms.org/thread-381-1-2.html ...

大侠，我看了那几个软件都主做分子动力，离子的好像也不涉及。:Q:Q:Q

川大-灰太狼 发表于 2013-3-16 21:28:47

分子动力学软件是可以做离子的动力学的，因此你干嘛着急呢？

小草 发表于 2013-3-17 10:45:50

guojie0087 发表于 2013-3-16 09:56 static/image/common/back.gif
大侠，我看了那几个软件都主做分子动力，离子的好像也不涉及。

灰太狼的意思好像和之前看过的一句话一样，“原则上说，分子动力学可以处理分子对接问题”。。

guojie0087 发表于 2013-3-18 10:29:57

川大-灰太狼 发表于 2013-3-16 21:28 static/image/common/back.gif
分子动力学软件是可以做离子的动力学的，因此你干嘛着急呢？

谢谢，嘿嘿，还得在继续琢磨。分子动力学博大精深，分析女必须刻苦钻研。:loveliness:

guojie0087 发表于 2013-3-18 10:30:54

小草 发表于 2013-3-17 10:45 static/image/common/back.gif
灰太狼的意思好像和之前看过的一句话一样，“原则上说，分子动力学可以处理分子对接问题”。。 ...

:lol，谢谢好心人相助。
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