wangqiang306 发表于 2013-1-11 10:23:08

小分子在GAFF立场GROMCA中的操作

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1. Gaussian .03计算ESP电荷
# HF/6-31g* SCF=Tight Pop=MK IOp(6/33=2,6/41=10,6/42=17)
2.amber建力场
antechamber -i esp.log -fi gout -o resp.mol2 -fo mol2 -c resp -nc 0

parmchk -i resp.mol2 -f mol2 -o br.frcmod -a 'Y'


生成小分子的amber参数文件（lig.prmtop与lig.inpcrd）

   先写个leap.in脚本文件，内容如下：

   source leaprc.ff99SB
   source leaprc.gaff
   loadamberparams lig.frcmod
   lig=loadmol2 lig.mol2
   check lig
   saveamberparm lig lig.prmtop lig.inpcrd
   savepdb lig lig.pdb
   quit

   然后运行 tleap命令即可：

   tleap -f leap.in

这样就拿到了小分子的参数文件（lig.prmtop与lig.inpcrd）

   f.调用脚本程序（amb2gmx.pl和acpype.py），尽量用acpype.py,比较稳定，需要安装python2.7版本环境，才能运行。命令如下

   python acpype.py -p lig.prmtop -x lig.inpcrd -d

   这样就产生不太合法的lig.gro与lig.top文件，gro文件GMX可以识别，但是top文件GMX识别不了，这样需要对GMX的参数和立场文件非常熟悉才行，不然不知道该如何处理才能生成itp文件，其实itp文件与top文件
将MOL_GMX.top的表头和表尾去掉变为itp文件r.itp

制作生成top文件

; Include forcefield parameters
#include "ffamber99SB.itp"
#include "r.itp"
#include "ffamber_tip3p.itp"




;name
MOL

[ molecules ]
; Compound      nmols
MOL            1   
SOL               250


墨竹晓风 发表于 2013-1-12 23:08:15

能介绍得更详细些吗{:soso_e100:}

wangqiang306 发表于 2013-3-14 14:52:51

墨竹晓风 发表于 2013-1-12 23:08 static/image/common/back.gif
能介绍得更详细些吗

够详细了啊。。可以单聊啊
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