aeolian1985 发表于 2012-12-27 10:12:22

关于vina的结果分析请教

本帖最后由 aeolian1985 于 2012-12-27 10:12 编辑

大家好！

我是做实验的，对接方面完全是菜鸟中的菜鸟，需要算小分子抑制剂和一个金属蛋白的对接，因为autodock安装的问题，后来用了vina运行程序，vina对新手来说还是操作比较简单的，基本就是得出一个亲和力的打分和几个构象

之前在群里求助画图如何画出小分子和蛋白的相互作用，后来得知是把结果中各个MODEL 的pdbqt的文件copy出来再和蛋白文件放在一个文档里重新存成pdb格式，然后用PyMOL打开，选择 all-A-preset-ligand sites-cartoon 就可以得到小分子和蛋白一些残基的氢键的作用，同时我自己select可以把金属以sphere显示出来得到如下的图：

但是根据文献，我的小分子上的N应该可能会和金属离子发生配位，但是通过上述方法显示的仅仅是一些氢键，而且经常出现一些同一个H和两个O或者同一个N和两个H形成氢键这种假现象，现在想请教高手，我存得的vina的结果是否能通过PyMOL得到金属与小分子的配位键或者哪怕是自己手动画一下得到键长之类的数据从而判断也行呢? 同时一个原子形成两个氢键理论上应该也是不行的吧？我的判断方式是通过键长，可是不知道如何删除我不需要的那个氢键?

非常感谢各位啦{:soso_e100:}

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-28 12:46:25

有时间把你的对接结果pdb发给我看看啊~哈哈

zhengzh 发表于 2013-1-17 18:14:10

不知道你解决没，如果没有 告诉我pymol里可以完成，vmd也可以

mbehb 发表于 2013-3-14 16:08:31

Vina运行程序和ADT什么区别和联系

pdh1015 发表于 2013-12-3 11:14:13

你好，我最近也遇到你这种问题了，想知道你是怎么解决的，谢谢

川大-灰太狼 发表于 2013-12-3 11:36:37

配位键 YASARA View，Chimera显示比较好，Pymol则需要手动添加配位键！

一下是YASARA View做的图。背景颜色是可以更换的哈！

浪模拟 发表于 2014-11-27 14:13:29

我想说，对接出来的结果真能这么详细的看对接模型？总觉得是实际应该差别很大

253642075 发表于 2014-12-2 23:13:46

不懂。。。。。。。。。。。

253642075 发表于 2014-12-2 23:14:26

顶。。。。。。。。。。。。

panacea008 发表于 2021-9-17 11:55:42

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-28 12:46
有时间把你的对接结果pdb发给我看看啊~哈哈

大佬，能帮我看看嘛
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