中大-活性小肽 发表于 2012-10-23 11:20:27

pyMOL插件6-Autodock plugin

下载地址：http://wwwuser.gwdg.de/~dseelig/adplugin.html
安装方法：下载后，在pyMol的菜单栏选择Plugin > Manage Plugins > Install，然后选择下载的autodock.py文件进行安装，安装后重启PyMOL即可。
使用说明：
1. 该插件能正常使用的前提是：已经正常安装ADT/AutoDockTools；已经下载并安装AutoDock 和/或 AutoDock Vina。
2. 该插件的功能只是为AutoDock及AutoDock的运行提供一个图形用户界面（GUI），本身并无对接功能。
3. 在大多数情况下，你可能在安装autodock.py并重启后，并未在插件中见到Autodock/Vina这一栏，却在PyMOL的命令行窗口见到错误信息，显示“no NumPy module"之类的字眼。这说明在你的计算机中还未安装Numpy模块，只需再去下载安装该模块即可。下载的地址为http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/，但是这里还需要说明的一点是，因为NumPy模块是和Python的版本挂钩的，所以最好下载和你使用的PyMOL配套的那个Python版本的NumPy，安装时选择该Python的安装路径（一般默认即可）。
4. 如果你已经正常的完成了上面的步骤，那么现在就可以开始在PyMOL中使用AutoDock和AutoDock Vina了：打开PyMol，在菜单栏选择Plugin > Autodock/Vina，打开插件。效果截图如下:

选择相应已安装程序的路径和工作目录后即可开始使用了。使用的具体细节大家就自己摸索吧，是在不行可以去看ADT的教程。
Enjoy it！
注：
为方便大家下载，已将autodock插件附于本文结尾，NumPy太大，就不传上来了，大家自己去下吧，谢谢！
Autodock插件：



mindi菜青虫 发表于 2013-5-20 22:23:39

调整gridbox的时候会报错啊

atmdd 发表于 2014-9-1 15:54:39

Error: 2
<type 'exceptions.TypeError'> Exception in Tk callback
Function: <bound method Autodock.grid_spacing_changed of <pmg_tk.startup.autodock.Autodock instance at 0x08746120>> (type: <type 'instancemethod'>)
Args: ('scroll', '1', 'units')
Traceback (innermost last):
File "C:\Python27\lib\site-packages\Pmw\Pmw_1_3\lib\PmwBase.py", line 1747, in __call__
    return apply(self.func, args)
<type 'exceptions.TypeError'>: grid_spacing_changed() takes exactly 2 arguments (4 given)

建盒子时出现此错误....请教楼主如何解决

罗青 发表于 2020-11-23 10:46:44

请问这种情况怎么解决？
invalid syntax (autodock.py, line 5)
Unable to initialize plugin 'autodock' (pmg_tk.startup.autodock).
Detected OpenGL version 4.6. Shaders available.
Detected GLSL version 4.60.
OpenGL graphics engine:
GL_VENDOR:   NVIDIA Corporation
GL_RENDERER: GeForce GTX 960/PCIe/SSE2
GL_VERSION:4.6.0 NVIDIA 432.00
Detected 8 CPU cores.Enabled multithreaded rendering.

大工-阿里巴巴 发表于 2012-10-23 11:27:12

{:soso_e113:}小肽同学V5啊~这个倒是一个不错的图形化插件~操作相对于MGLTools个人感觉更为方便一些

浙农林—老张 发表于 2012-10-23 18:11:07

版主的水平就是不一样，呵呵
好~

大工大-Chemoinf 发表于 2012-10-24 21:45:56

多谢斑竹

浙医-中药筛选 发表于 2012-12-31 10:10:25

呵呵，感觉太有用了。这两天都在学习中。如阿里巴巴所言，感觉比MGL界面还方便一些。

西湖柳叶 发表于 2013-4-3 08:41:25

正在学，看能不能用上

mindi菜青虫 发表于 2013-5-21 16:37:07

win 7 (64), pymol 1.5.0.3 (64), mdl 1.5.4,
调整gridbox的时候报错

Error: 2
<type 'exceptions.TypeError'> Exception in Tk callback
Function: <bound method Autodock.n_points_X_changed of <pmg_tk.startup.autodock.Autodock instance at 0x0951F7D8>> (type: <type 'instancemethod'>)
Args: ('scroll', '-1', 'units')
Traceback (innermost last):
File "C:\Python27\lib\site-packages\Pmw\Pmw_1_3\lib\PmwBase.py", line 1747, in __call__
    return apply(self.func, args)
<type 'exceptions.TypeError'>: n_points_X_changed() takes exactly 2 arguments (4 given)

mindi菜青虫 发表于 2013-5-30 17:34:18

有没有成功使用的？

xufund 发表于 2013-9-30 11:30:46

请教楼主，我是win7 (64bit) ,但是您提供的numpy 中只有numpy-1.6.0-win32-superpack-python2.7可以下载，不知能否使用？楼主有没有64位的numpy？多谢！
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