新手帖：得到较好的对接数据的一点点小想法
最近做了一点点对接工作。正好前段时间跟几个群友探讨了一下对接结果与实验值的匹配以及对接方法靠不靠谱的问题。这里就将我的导师传授给我的一些想法与大家分享一下。首先。我个人认为，一个较好对接需要做好两个工作。1.很好的还原或者模拟出分子间的结合模式。 2.使用合适的打分函数来分析这个构型。只有做好这两个工作，才有可能得到与实验值匹配较好的结果。下面就按照这个思路来谈谈我的想法。
1.对接前的准备。
① 研究体系的分析十分重要。
我们的课题是研究小分子抑制剂的，这个时候，已有的抑制剂与对应酶的复合物的晶体结构显得十分具有参考价值，特别是哪些结构与我们合成的新化合物很像的抑制剂对应的晶体结构，用pdb数据库搜一搜，看一看，分析分析很有必要。可以选取几个与合成的化合物结构很像的以直接作为参考配体来评价后面得到的对接构象的合理性。总之对我们研究的体系以及相似的体系越是熟悉，越是利于得到好结果。
②蛋白与配体的准备也很重要。
同种酶可能因为发生了生物学变化（比如说磷酸化）或者结合小分子的不同而产生不同晶体结构，这个时候就需要根据实际情况来选取合适的receptor来进行对接，最好选取与我们研究的体系最为接近的蛋白（生物学形态相似，配体类似）来做受体。小分子的话如果是自己画的一定要看看结构到底符不符合事实情况，这时候就需要利用下我们的化学知识了。
2.对接过程
对接的过程的目的是得到好的结合模式。能够很好的还原结合过程的实际情况。不同的对接软件会有不同的寻优方法和打分函数，我用的是autodock做的对接，由于化合物比较多，我使用了raccoon软件来进行批量处理。
①gridbox的选择
gridbox的选择对得到构象的好坏很重要，我的对接过程由于box的大小不合适而使得产生了很多构象都不合理。我认为好的box需要最大限度的压缩配体的空间（配体的原子是不能通过旋转而跑出box的），根据参考的配体，发挥一点想象能力。
②对接参数的选择
群里这方面的资料比较多，我也在学习阶段，这里就不多说了。
③合理构象的选择
合理的构象需要结合参考配体来分析。主要看小分子是不是在活性空腔的对应位置，还有就是延伸方向是否正确。需要注意的是，结合能最低的构象并不一定是合理的，所以用结合能最低的构象时需要认真考虑下。可以选择多个合理构象，也可以综合考虑一下。
3.结合模式的打分
小分子与蛋白的结合的打分方法有很多。选择一个比较好的打分结果来打分。如果没有其他软件可以利用，用autodock的打分也可以。之后就可以做做拟合，分析分析构象了。可以上网上搜搜相关的论文，看看他们是怎么做的。
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初次发帖，写完感觉东一句西一句的，水平有限，大家多多指教哈~~
谢谢ccnu的个人总结，觉得写得很有道理啊~哈哈，我也把我做对接的一点经验和ccnu同学做一讨论：
1.首先查看自己需要做的蛋白是否具有晶体结构，同时详细调研文献，看看蛋白的整体构象是否存在多种可能(比如脂肪酶的open和close conformation)。在此基础上，如果有合适的晶体模型就直接拿来用(考虑结构是否包含配体，如果做对接个人觉得含有配体的结构比不含配体的结构更合理一些)。如果没有的话，就考虑利用同源模建进行蛋白质结构的模拟及后续的能量修正，最后获得一个比较可信的结构用于下一步的对接。
2.小分子的起始构象对于对接的结果影响十分显著，条件允许时，可以用软件派生小分子的构象库，然后分别与大分子进行对接，从中挑选合适的结果
3.多尝试几种免费的对接软件的对接结果，做一横向的比较。同时看看不同打分函数对于小分子结合能力的评价
4.也可以在对接之前对相似体系的晶体结构-小分子复合物做一下redocking，看看重现晶体结构中小分子的构象是否合理（RMSD<2 A） 写得很好，其实做好一个对接也不是那么容易的事情。我们必须首先调研已知的一切资料，对自己研究的体系深入了解后方可进行对接。
1、比如确定使用与你要研究的分子骨架一致的蛋白晶体复合物，将最大限度的提高你的对接精确度。
2、小分子的准备，注意其立体异构、质子化基团等。
3、蛋白质的准备，质子化氨基酸残基，比较不同晶体结构确定蛋白柔性区域，等等。
都非常有意思！做好前期的工作，对于分子对接的帮助显而易见。分子对接对于抑制剂的结合模式研究有非常重要的意义，但就其打分函数而言，仅仅是数值上的呈现，次之。 写的很好，感谢分享！……
刚开始接触这一块，以后多向大家学习 很有帮助，只是是否大家可以给出小分子能量优化，受体优化的具体过程呢？ 谢谢楼主和各位版主，很受教 感谢楼主！！ 这可以说是前辈经验的精华贴，支持{:soso_e100:}
谢谢楼主和各位版主，对于新手，很有帮助 真的很棒，谢谢前辈了:P:P
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