jerrysky2011 发表于 2012-12-14 10:03:44

Amber和MM/PBSA计算自由能

请教大家一个问题，我做动力学一直都用GMX，最近安装了Amber，但是以前没有用过，这两天试了一下怎么都用不了，恳请各位帮帮忙。我是在官网上看的教程：$AMBERHOME/exe/tleap -s -f $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff99，这个是做MM/PBSA的第一步，但是我输进去总是提示syntax error，我不知道问题出在哪里，是安装就不成功，还是我选择的路径等问题，第一次接触，恳请大家帮帮忙，先谢谢了！

墨竹晓风 发表于 2012-12-14 14:34:52

tleap 这个不是做MM/PBSA的第一步，是准备蛋白质参数的第一步，也即是说这一步还没开始做动力学
试试$AMBERHOME/exe/tleap，然后source leaprc.ff99

wangyantcclab 发表于 2012-12-18 15:06:39

相信楼主对于MM-PBSA的计算应该有一个大致的了解吧？这个所谓的MM-PBSA计算是基于动力学模拟结果（轨迹）文件的一种能量计算方式。楼主要想进行计算，就像楼上所说的，要先进行分子动力学模拟，有了轨迹文件之后，才能进行MM-PBSA的计算。
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm
看看这个网站的教程，按照上面的一步一步去做。就可以了。有啥不明白的一起讨论，我也是接触AMBER不久。

jerrysky2011 发表于 2012-12-18 16:38:41

wangyantcclab 发表于 2012-12-18 15:06 static/image/common/back.gif
相信楼主对于MM-PBSA的计算应该有一个大致的了解吧？这个所谓的MM-PBSA计算是基于动力学模拟结果（轨迹）文 ...

嗯，好的，感谢热心的同学，大家一起学习，一起探讨！~！
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