时光过客 发表于 2016-11-24 13:56:21

怎样用pymol删除pdb数据库中的复合物的配体

求助，，怎样用pymol删除pdb数据库中的复合物的配体？？？我用pymol软件删掉小分子配体，，选中之后remove了，可是在gromacs模拟时说文件中有些原子是错误的。。这个问题该怎么解决呢？？？求大神指教！！！

川大-灰太狼 发表于 2016-12-8 10:39:32

1、仔细检查除了蛋白和配体外还有什么其他原子不；2、建议可以使用yasara view 重新保存一下为pdb格式，更规范。
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