odyssus 发表于 2016-9-8 17:11:12

新手求指导：autodock对接前的蛋白预处理

如果下载的pdb文件蛋白是二聚体，必须使用单体进行对接么？对接前，蛋白处理需要哪些步骤，除水，除小分子，另外使用DS的clean protein功能？

川大-灰太狼 发表于 2016-9-10 09:42:36

1、如果你的配体小分子不是作用在二聚体中间的话，用一个单体就可以了。2、autodock对接前需要去除水分子和小分子以及杂原子，确保活性位点的残基正确的质子化（以便形成氢键），如果残基缺失需要补全。

odyssus 发表于 2016-9-12 10:33:58

川大-灰太狼 发表于 2016-9-10 09:42
1、如果你的配体小分子不是作用在二聚体中间的话，用一个单体就可以了。2、autodock对接前需要去除水分子和 ...

好的 我再好好学学教程

341176 发表于 2016-9-22 15:04:23

你可以用Chimera这个软件去处理Protein Band下载的蛋白配体。很方便的

enthusiasm 发表于 2016-9-23 10:15:19

川大-灰太狼 发表于 2016-9-10 09:42
1、如果你的配体小分子不是作用在二聚体中间的话，用一个单体就可以了。2、autodock对接前需要去除水分子和 ...

请问是不是需要将蛋白二聚体中需要对接的单体分离出来，转成pdb格式？
还是仅设置显示单体即可？

ybq 发表于 2016-12-22 08:14:07

川大-灰太狼 发表于 2016-9-10 09:42
1、如果你的配体小分子不是作用在二聚体中间的话，用一个单体就可以了。2、autodock对接前需要去除水分子和 ...

你好，大神，我想问一下，根据教程，除掉水的时候，提示没有水，那是不是说明我的模型里面没有水呢。就不用这一步了？可以直接加氢？是加所有的氢还是加极性氢呢？谢谢您！
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